Chức năng đại diện hành chính
Trong hầu hết các thể chế, Tổng Thư ký đều được công nhận là người đứng đầu cơ quan hành chính của nghị viện. Với chức năng này, Tổng Thư ký đại diện cho nghị viện trong các giao dịch hợp đồng dân sự cũng như trước tòa án liên quan đến các vụ việc hành chính.
Ở một số nghị viện, chức năng đại diện là đặc quyền của Tổng Thư ký. Tuy nhiên, một số cơ quan lập pháp khác, Tổng Thư ký chia sẻ chức năng này với các quan chức nghị viện khác như: Chủ tịch Thượng viện Bỉ, Hạ viện Đan Mạch, hoặc trong chế độ hành chính của Quốc hội Pháp thì Tổng Thư ký phụ trách hành chính chia sẻ chức năng đại diện với các quản trị viên.
Tuy nhiên, cũng có rất ít trường hợp, quyền đại diện không được trao trực tiếp cho Tổng Thư ký mà thay vào đó, đòi hỏi phải có một sự ủy quyền đặc biệt cụ thể của người đứng đầu cơ quan lập pháp. Đây là trường hợp của Mali, nơi tổng thư ký không xuất hiện tại tòa án hoặc là đại diện khi ký kết hợp đồng; hoặc trường hợp Thụy Điển, nơi mà tổng thư ký được trao quyền đại diện khá hạn chế vì các dịch vụ hành chính lại do một cơ quan khác thực hiện.
Tổ chức bộ máy hành chính
Tổng thư ký thường được trao quyền khá rộng lớn trong tổ chức cơ quan hành chính do mình đứng đầu. Tuy nhiên, mức độ và cách thức thực hiện các quyền lực này rất khác nhau giữa các quốc gia.
Trong hầu hết các trường hợp (Quốc hội Phần Lan, Quốc hội và Thượng viện Pháp, Hạ viện Hy Lạp, Nghị viện Iceland, Quốc hội Niger, Quốc hội Na Uy, Hội đồng Liên bang Nga và Quốc hội Senegal) Tổng Thư ký có quyền tổng hợp đệ trình các đề xuất lên các cơ quan chính trị chủ quản hoặc các ủy ban chính trị có liên quan, chịu trách nhiệm về quyết định cuối cùng, đặc biệt là về những vấn đề quan trọng. Do đó, việc thiết kế sơ đồ tổ chức bộ máy hành chính là một công việc phức tạp, phải tính đến ý chí của các chủ thể khác nhau, bao gồm cả cơ quan chính trị chủ quản và Tổng Thư ký.
Trong các hệ thống khác, nhiệm vụ tổ chức hành chính là trách nhiệm trực tiếp của tổng thư ký, mặc dù các cơ quan chính trị nói chung có liên quan đến việc thực hiện chức năng này được trao quyền chỉ đạo, kiểm soát hoặc chỉ giám sát (như trường hợp của Nghị viện Australia, Áo, Thượng viện Bỉ, Canada, Thượng viện Chile, Hàn Quốc, Đan Mạch, Philippines, Tây Ban Nha và Nam Phi).
Trách nhiệm giải trình
Tùy thuộc vào hệ thống chính trị và thể chế, trách nhiệm giải trình của tổng thư ký nghị viện cũng ở mức độ khác nhau giữa các cơ quan lập pháp. Thông thường, Tổng Thư ký chịu trách nhiệm trước các cơ quan chính trị của nghị viện. Ở một số nước, Tổng Thư ký chịu trách nhiệm trực tiếp về công việc của mình trước Chủ tịch Nghị viện (chẳng hạn tại Italy, Công quốc Andorra, Áo, Hy Lạp, Hạ viện Ấn Độ, Iceland, Mali, Đức, Nam Phi).
Ở một số cơ quan lập pháp khác như Albania, Bỉ, Belarus, Đan Mạch, Estonia, Na Uy, Romania và Hội đồng Liên bang Nga, tổng thư ký cũng có thể chịu trách nhiệm ở các mức độ khác nhau trước Văn phòng nghị viện; hoặc tổng thư ký chịu trách nhiệm trước các ủy ban đặc biệt phụ trách các lĩnh vực cụ thể của chính quyền (chẳng hạn như quản lý tài chính và nhân sự). Đây là trường hợp của Thượng viện Australia, Nghị viện Síp, Quốc hội Namibia, Hạ viện Hà Lan, Hạ viện và Thượng viện Anh và Hội đồng Liên bang Thụy Sĩ.
Quản lý nhân sự
Với tư cách là người đứng đầu bộ phận hành chính của nghị viện, Tổng Thư ký có trách nhiệm quản lý nhân sự. Ở một số nghị viện, Tổng Thư ký được toàn quyền tuyển dụng, bổ nhiệm, phân công, miễn nhiệm nhân sự; trong khi ở một số nghị viện khác, Tổng Thư ký chỉ được quyền đưa ra các đề xuất về nhân sự để cơ quan chính trị đưa ra quyết định.
Tổng Thư ký cũng được trao quyền thực thi kỷ luật nhân viên dưới quyền. Quyết định kỷ luật có thể được kháng cáo lên tòa án, các cơ quan nội bộ đặc biệt hoặc cơ quan chính trị của nghị viện.
Trừ những trường hợp ngoại lệ (Nghị viện Fiji, Quốc hội Pháp, Thượng viện Thái Lan), Tổng Thư ký không có quyền hạn đối với các nhân viên không thuộc Quốc hội, kể cả những người làm việc cho Văn phòng Tổng thống. Tuy nhiên, trong một số trường hợp, các nhân viên của Văn phòng Tổng thống sẽ phải tuân thủ các quy tắc ứng xử cụ thể mà Tổng Thư ký có quyền giám sát.
Quản lý tài chính
Liên quan đến quản lý tài chính, có sự khác biệt đáng kể trong vai trò của tTổng Thư ký ở các quốc gia khác nhau.
Ở rất nhiều mô hình, chẳng hạn như Nghị viện Đan Mạch, Nghị viện Estonia, Thượng viện Philippines, Hạ viện Hy Lạp, Hạ viện Indonesia, Nghị viện Iceland, Hạ viện Mỹ, Hạ viện Hà Lan, Hạ viện Anh, Hạ viện Romania, Quốc hội Suriname, Thượng viện Thái Lan và Quốc hội Zambia, Tổng Thư ký chịu trách nhiệm lập ngân sách hoặc dự thảo ngân sách cho cơ quan lập pháp. Trong khi đó, ở một số nghị viện khác, Tổng Thư ký chỉ hỗ trợ và đưa ra các đề xuất ngân sách để Hạ viện hoặc các cơ quan chính trị khác có trách nhiệm thông qua.
Việc quản lý tài chính hàng ngày của nghị viện luôn được giao cho bộ phận hành chính của nghị viện, ở nhiều nước thường là giao cho Tổng Thư ký hoặc các quan chức hành chính cấp cao dưới sự giám sát của Tổng Thư ký.
Đối với vấn đề kiểm soát chi tiêu, trong trường hợp không có cơ quan kiểm toán nội bộ, Tổng Thư ký chịu trách nhiệm bảo đảm chi tiêu phù hợp với khả năng sẵn có của vốn ngân sách và là người lập báo cáo chi tiêu vào cuối năm.
Quan hệ công chúng
Trong quan hệ công chúng, vai trò của Tổng Thư ký tỏ ra khá nổi bật. Tổng Thư ký được coi là người phát ngôn của nghị viện, chịu trách nhiệm đưa ra các thông cáo báo chí hoặc bất kỳ kỳ tài liệu hoặc thông tin cung cấp cho công chúng hoặc cho báo chí.
Trong khi đó ở một số nghị viện khác như Estonia, Đức, Anh, Hạ viện Ireland, Israel, Hạ viện Italy, Quốc hội Namibia, Hà Lan, Duma quốc gia Nga, Quốc hội Slovenia, Thụy Sĩ, cơ quan lập pháp có người phát ngôn riêng do văn phòng nghị viện tuyển dụng và chịu trách nhiệm trước Tổng Thư ký.
Bảo đảm trật tự
Một vai trò đặc biệt quan trọng của Tổng Thư ký là bảo đảm an ninh con người và tài sản, duy trì trật tự trong các khu vực của nghị viện.
Thông thường, Tổng Thư ký là người chịu trách nhiệm điều phối viên hoặc giám sát việc thực thi các biện pháp cần thiết để bảo đảm rằng hoạt động của nghị viện diễn ra an toàn và bảo mật. Tuy nhiên, cũng có một số nước chức năng này được giao cho Chủ tịch Nghị viện (thường là chịu trách nhiệm an ninh trong khuôn khổ kỳ họp); hoặc được giao cho một ủy ban cụ thể.