Ban Chỉ đạo đổi mới giáo dục đại học được thành lập theo Quyết định số 170/QĐ-TTg ngày 6.2.2006 của Thủ tướng Chính phủ.
Ban Chỉ đạo này có nhiệm vụ giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo xây dựng các đề án chi tiết để thực hiện các mục tiêu, nhiệm vụ và giải pháp đổi mới giáo dục đại học.
Ngoài ra, Ban Chỉ đạo đổi mới giáo dục đại học còn có nhiệm vụ đôn đốc, kiểm tra, đánh giá tình hình thực hiện các đề án chi tiết; nghiên cứu, đề xuất với Chính phủ các chủ trương, chính sách và giải pháp quan trọng để đẩy mạnh việc đổi mới giáo dục đại học trong từng giai đoạn.
Kinh phí hoạt động thường xuyên của Ban Chỉ đạo do ngân sách Nhà nước bảo đảm và được bố trí trong dự toán ngân sách Nhà nước hàng năm của Bộ GD-ĐT. Kinh phí để triển khai các đề án đổi mới giáo dục đại học được bố trí theo quyết định phê duyệt từng đề án của cấp có thẩm quyền và theo quy định hiện hành.
Các văn bản do Trưởng Ban Chỉ đạo ký được sử dụng con dấu của Chính phủ; các văn bản do các Phó Trưởng Ban Chỉ đạo ký được sử dụng con dấu của Bộ GD-ĐT.