Cùng với đó, thủ tục của nhà tài trợ chưa hài hòa với quy định của Việt Nam dẫn đến khó khăn trong việc triển khai thực hiện dự án. Một số dự án phải tiến hành gia hạn Hiệp định. Các dự án ODA, vốn vay ưu đãi có quy trình vận động tài trợ phức tạp, qua nhiều lần khảo sát, tham vấn từ nhà tài trợ và trên cơ sở ý kiến của các bộ, ngành nên thời gian vận động thành công của một dự án thường kéo dài từ 2 - 4 năm, thậm chí có những dự án mất gần 5 năm mới ký được Hiệp định.
Thực tiễn cũng cho thấy, nhiều nguồn vốn tài trợ có chi phí lãi suất cao trong khi đó ngân sách tỉnh phải vay lại một phần vốn tài trợ nên việc tiếp cận để lựa chọn nguồn vốn tài trợ phù hợp gặp nhiều khó khăn. Mỗi nhà tài trợ có quy trình, thủ tục riêng khá phức tạp, còn nhiều khác biệt so với quy trình thủ tục trong nước, đặc biệt trong lĩnh vực đấu thầu, chính sách về an sinh xã hội… dẫn đến phải trình duyệt cả hai phía; thời gian làm thủ tục đầu tư, giải ngân kéo dài làm hạn chế việc triển khai nhanh các dự án, công trình.