Nguyễn Công Phương sinh năm 1888 trong một gia đình nho giáo có truyền thống yêu nước. Cha ông là Nguyễn Công Hanh và mẹ là Bùi Thị Khanh. Tổ tiên ông, theo gia phả, vốn dòng họ Nguyễn ở làng Nhu Năng, huyện Tư Nghĩa, sau rời đến sinh sống ở thôn Kỳ Thọ, xã Hành Đức, huyện Nghĩa Hành, tỉnh Quảng Ngãi. Đến đời cụ thân sinh ra ông lại “đổi vùng”, chuyển đến ngụ cư tại thôn Hòa Vinh, xã Hành Phước.
Thuở nhỏ, ông học chữ nho tại gia. Đến 17 tuổi, ông mới được cắp sách tới trường làng. Người thầy đầu tiên của ông là thầy Lê Đình Cẩn - một nhà giáo yêu nước - một thành viên của Duy Tân Hội. Được sự dìu dắt của thầy Cẩn, Phương bắt đầu tham gia Duy Tân Hội - một tổ chức chống thực dân Pháp do cụ Phan Bội Châu cùng các đồng chí của mình thành lập tại Quảng Nam nhằm vận động nhân dân đấu tranh đòi dân sinh, dân chủ, chống sưu cao, thuế nặng. Do khiêm tốn, ham học hỏi, chàng thanh niên Nguyễn Công Phương được mọi người quý mến, tin cậy và được cử vào ban lãnh đạo Tỉnh Hội.
Phong trào đấu tranh đòi dân sinh - dân chủ ở Quảng Ngãi vào những năm 1907 - 1908 phát triển khá mạnh. Khiếp sợ trước sự lớn mạnh nhanh chóng của phong trào Duy Tân, thực dân Pháp ra sức đàn áp, lùng sục bắt bớ những người lãnh đạo.
Tháng 5.1908, Công Phương bị bắt và bị giam cầm 4 năm. Đến tháng 12.1912 mới được trả tự do. Giam cầm, tra tấn dã man không làm nhụt ý chí đấu tranh của người thanh niên yêu nước Nguyễn Công Phương.
Ra tù, Phương cùng anh trai Nguyễn Công Mậu tham gia Quang Phục Hội, một tổ chức cách mạng cũng do chí sĩ Phan Bội Châu thành lập vào năm 1912 với mục đích đánh đuổi thực dân Pháp sau khi Duy Tân Hội bị cấm hoạt động. Hai anh em Phương được giao nhiệm vụ xây dựng cơ sở trong tỉnh, chờ thời cơ khởi nghĩa vũ trang.
Cuộc khởi nghĩa của Việt Nam Quang Phục Hội thất bại, các lãnh tụ của cuộc khởi nghĩa ở Trung Kỳ như Thái Phiên, Trần Cao Vân, Phạm Hồng Cương, Phan Thành Tài bị hành quyết; vua Duy Tân bị đày sang Resunion... đã thức tỉnh Nguyễn Công Phương, khiến ông đến với chủ nghĩa Mác và Cách mạng tháng Mười Nga qua những bài viết của Nguyễn Ái Quốc từ nước ngoài gửi về do những đồng chí của ông cung cấp bí mật.
Ngày 2.6.1930, ông được đứng trong hàng ngũ những người cộng sản Đông Dương. Như ông thường kể: “Đây là bước ngoặt lớn nhất trong cuộc đời cách mạng của tôi”.
Cuối tháng 6.1930, ông được chỉ định làm Bí thư lâm thời Huyện ủy Nghĩa Hành.
Giữa lúc đang tập trung xây dựng cơ sở, phát triển phong trào thì ngày 22.10.1930, Nguyễn Công Phương bị bắt. Đây là lần thứ hai trong cuộc đời hoạt động cách mạng của mình, ông bị thực dân Pháp bắt. Đánh đập, tra tấn, mua chuộc đều không đem lại kết quả, chúng kết án ông 7 năm tù giam tại Buôn Ma Thuột và 5 năm quản thúc tại địa phương.
Cuối tháng 8.1935, bọn thực dân Pháp dẫn ông về quê với lệnh quản thúc vô thời hạn, chứ không phải 5 năm như Tòa đã tuyên án.
Trước cảnh đau thương mất mát của bản thân, vợ và con trai đã mất trong những ngày ông bị giam cầm, hòa lẫn với nỗi đau chung của dân tộc đã thôi thúc ông phải hành động. Ông tìm cách liên lạc với tổ chức, móc nối với các đồng chí cũ, xây dựng lại cơ sở trong huyện, rồi trong tỉnh đã bị địch đánh phá.
Đầu tháng 9.1936, số Tạp chí Đỏ đầu tiên ra mắt do đồng chí Trần Long làm chủ bút, trong đó có nhiều bài của Nguyễn Công Phương đã gây tiếng vang lớn trong nhân dân Quảng Ngãi, nhất là tầng lớp những người có học.
Tháng 10.1939, Nguyễn Công Phương lại bị bắt lần thứ ba và giam tại nhà giam Trà Bồng. Vẫn thủ đoạn xưa, tra tấn kết hợp với dụ dỗ, mua chuộc không khuất phục nổi lập trường cách mạng kiên định của người cộng sản.
Ở trong tù, ông vẫn tiếp tục hoạt động, tìm cách móc nối các cán bộ cốt cán đang bị giam cầm, với lãnh đạo bên ngoài để thành lập Tỉnh ủy lâm thời của Quảng Ngãi tại Trù Bồng. Sự việc bị bại lộ, hầu hết các đồng chí trong Tỉnh ủy lâm thời bị bắt. Bản thân Nguyễn Công Phương lần thứ hai bị đày lên Buôn Ma Thuột vào năm 1941.
Ngày 9.3.1945, Nhật lật đổ Pháp để độc chiếm Đông Dương. Thường vụ Trung ương Đảng ra Chỉ thị “Nhật - Pháp bắn nhau và hành động của chúng ta”. Chỉ thị nhận định: Sự khủng hoảng chính trị này thúc đẩy cho những điều kiện khởi nghĩa chín muồi nhanh chóng. Kẻ thù của nhân dân ta lúc này là Nhật. Khẩu hiệu hành động là “Đánh đuổi phát xít Nhật, phát động cao trào kháng Nhật trong cả nước, sẵn sàng chuyển sang hình thức Tổng khởi nghĩa khi có điều kiện”.
Quán triệt tinh thần Chỉ thị trên, Nguyễn Công Phương cùng một số đồng chí tù chính trị tổ chức vượt ngục, trở về địa phương tham gia chuẩn bị tổng khởi nghĩa, cướp chính quyền. Ông được giao nhiệm vụ vận động nhân dân ủng hộ lương thực, thuốc men để tiếp tế cho du kích Ba Tơ; in ấn các tài liệu của Đảng để chuyển đến các tổ chức cơ sở Đảng trong tỉnh. Một nhiệm vụ đặc biệt nữa là ông chịu trách nhiệm tuyên truyền, vận động, thuyết phục lớp trí thức trẻ tham gia cách mạng tháng Tám.
Cách mạng tháng Tám thành công, ông được cử làm Chủ tịch UBND cách mạng huyện Nghĩa Hành, sau đó được Trung ương bổ nhiệm làm Chủ tịch UBND cách mạng tỉnh Quảng Ngãi.
Ngày 17.2.1946, Quảng Ngãi tổ chức bầu cử Hội đồng nhân dân tỉnh, ông Nguyễn Công Phương trúng cử với số phiếu cao và được bầu làm Chủ tịch Ủy ban hành chính tỉnh.
Tháng 12.1946, toàn quốc kháng chiến, trước yêu cầu mở rộng và tăng cường khối đại đoàn kết dân tộc nhằm bảo vệ đất nước, ông được điều lên khu ủy đặc trách công tác Mặt trận và được bầu làm Phó Hội trưởng Hôi Liên Việt khu V.
Tháng 7.1948, ông được bổ sung vào khu Ủy, tham gia Thường vụ và phụ trách công tác Dân vận - Mặt trận của Đảng. Với uy tín trước dân và kinh nghiệm nhiều năm hoạt động trong lĩnh vực Dân vận - Mặt trận, ông đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao phó; phong trào kháng chiến - kiến quốc của Khu V phát triển mạnh trong điều kiện hết sức khó khăn và ác liệt.
Sau chiến thắng Điện Biên Phủ “lừng lẫy năm châu, chấn động địa cầu”, Hiệp định Giơ-ne-vơ được ký kết, đất nước tạm thời bị chia cắt làm hai miền, tiến hành đồng thời hai nhiệm vụ chiến lược song đều nhằm một mục đích chung là: hoàn thành cách mạng dân tộc dân chủ trong phạm vi cả nước.
Thi hành Hiệp định Giơ-ne-vơ, tháng 5.1955 ông đáp chuyến tàu cuối cùng ra Bắc tập kết. Ông đặt chân đến Thủ đô Hà Nội đúng vào thời điểm Mặt trận Liên Việt đã hoàn thành sứ mệnh lịch sử của mình là đoàn kết toàn dân kháng chiến chống thực dân Pháp thắng lợi.
Và thực hiện chủ trương của Trung ương Đảng và Hồ Chủ tịch, Ban trù bị để thành lập một tổ chức Mặt trận mới ra đời nhằm tập hợp rộng rãi mọi tổ chức, cá nhân yêu nước và tiến bộ, nhất là những người ở vùng mới giải phóng. Ông Nguyễn Công Phương được Trung ương cử vào Ban trù bị.
Từ tháng 5 đến ngày 10.9.1955, Mặt trận Dân tộc thống nhất Việt Nam đã họp tại Hà Nội, quyết định lấy tên là Mặt trận Tổ quốc Việt Nam. Chủ tịch Hồ Chí Minh được bầu làm Chủ tịch danh dự.
Bác Tôn Đức Thắng được bầu làm Chủ tịch. Đồng chí Xuân Thủy được bầu làm Tổng Thư ký; “lão đồng chí” Nguyễn Công Phương (cách gọi của Bác Tôn) được bầu làm Ủy viên Thư ký phụ trách công tác đấu tranh thi hành Hiệp định Giơ-ne-vơ nhằm hòa bình thống nhất đất nước.
Với trách nhiệm là Ủy viên thư ký, “lão đồng chí” Nguyễn Công Phương đã có những đóng góp to lớn vào việc đề xuất các phong trào, các cuộc vận động nhân dân đấu tranh đòi thi hành Hiệp định Giơ-ne-vơ, thống nhất đất nước.
Với tư cách một nhân sĩ nổi tiếng của Trung Trung bộ, tháng 6.1969, cụ được bầu làm Ủy viên Hội đồng cố vấn Chính phủ - cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam.
Do bị tù đày nhiều, lại tuổi cao, sức yếu, “lão đồng chí” Nguyễn Công Phương đã thanh thản ra đi ngày 21.8.1972 tại số nhà 50 phố Quán Sứ, hưởng thọ 84 tuổi.
Thay mặt Đảng, Nhà nước và Mặt trận, đồng chí Nguyễn Duy Trinh, Ủy viên Bộ Chính trị, Phó Thủ tướng nhận xét: “Đồng chí Nguyễn Công Phương là tấm gương của một nhà yêu nước nồng nàn; gian khổ không sờn lòng; khó khăn không nản chí; suốt đời tận tụy vì độc lập, tự do của dân tộc”.
