Sau khi tiếp nhận 11/12 dự án, nhà máy từ Bộ Công thương (Nhà máy bột giấy Phương Nam vẫn do Tổng công ty Giấy, Bộ Công thương quản lý), Ủy ban quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp (UBQLVNN) đã rà soát, tổng hợp các hồ sơ và thấy rằng mặc dù số lượng nhiệm vụ mà các bộ, ngành, Tập đoàn, Tổng công ty đã hoàn thành chiếm 75,36% nhưng các khó khăn mấu chốt vẫn nằm ở 17 nhiệm vụ còn lại, tập trung ở 3 nhóm vấn đề: Xử lý dứt điểm vướng mắc pháp lý để quyết toán hợp đồng EPC và quyết toán toàn bộ dự án; cơ cấu lại các khoản nợ, trích dãn khấu hao, điều chỉnh lãi suất vay; xây dựng phương án thoái vốn.
Cụ thể, 7 dự án vướng mắc tranh chấp hợp đồng thiết kế, cung cấp thiết bị và thi công (EPC) chưa được giải quyết, một số dự án không dàn xếp được, phải đưa ra trọng tài quốc tế phân xử trong thời gian tới. Chủ tịch Hội đồng thành viên Tập đoàn Hóa chất Nguyễn Phú Cường cho biết với 3 nhà máy sản xuất phân bón (Đạm Ninh Bình, Dự án mở rộng sản xuất đạm Hà Bắc, dự án DAP2 Lào Cai), Tập đoàn đã chuẩn bị hồ sơ pháp lý, khi có ý kiến của Chính phủ thì sẽ khởi kiện tổng thầu ra tòa hoặc đưa ra Trung tâm Trọng tài quốc tế phân xử. Đối với dự án mở rộng Giang thép Thái Nguyên giai đoạn 2, ông Nguyễn Văn Đa, Chủ tịch Hội đồng thành viên Tổng công ty Thép Việt Nam cho biết không thể đàm phán giải quyết được vướng mắc hợp đồng EPC với nhà thầu MCC để tiếp tục dự án. 3 dự án, nhà máy là Ethanol Quảng Ngãi, Ethanol Phú Thọ và Công ty đóng tàu Dung Quất cũng chưa tìm được tiếng nói chung với nhà thầu về phương án giải quyết tranh chấp và giải pháp xử lý cuối cùng.
Báo cáo của UBQLVNN cho biết đối với 6 nhà máy, dự án hoạt động trở lại thì có 2 đơn vị có lãi, 4 đơn vị đã giảm lỗ theo từng năm nhưng hoạt động vẫn còn nhiều khó khăn vì thiếu vốn, gánh nặng nợ nần nên chưa thể thực hiện thoái vốn nhà nước. Chủ tịch UBQLVNN Nguyễn Hoàng Anh nhấn mạnh việc xử lý các dự án, nhà máy càng trở nên cấp thiết vì càng để lâu Nhà nước càng mất vốn. Với các dự án, nhà máy còn có nguy cơ âm và mất hết vốn chủ sở hữu.
Đề cập tới xử lý các vướng mắc pháp lý, Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ nhấn mạnh nếu hết năm 2019 mà không đàm phán xong các vướng mắc về hợp đồng EPC thì Chính phủ đồng ý theo đề nghị của từng đơn vị chuyển qua cơ chế tòa hay trọng tài quốc tế phán xử. “Nhưng tinh thần chung là ưu tiên hòa giải, thương lượng, chia sẻ lẫn nhau, hạn chế thấp nhất vấn đề khiếu kiện. Đồng thời thống nhất quan điểm việc khởi kiện hay không là công việc của Tập đoàn, Tổng công ty”, Phó Thủ tướng nêu rõ. Phó Thủ tướng đồng ý đưa Nhà máy DAP 1- Hải Phòng ra khỏi danh sách 12 dự án, nhà máy yếu kém vì các kết quả khả quan trong thời gian qua; đề nghị UBQLVNN báo cáo cụ thể hơn các giải pháp, phương án với các dự án còn lại để trình Ban cán sự Đảng Chính phủ xem xét, quyết định.