Theo quyết định, phía HNF đã kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với hóa đơn hàng hóa, dịch vụ (HHDV) trả hộ cho chi nhánh không đúng quy định; kê khai khấu trừ các hóa đơn sau khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra chưa đúng quy định; kê khai khấu trừ đối với các hóa đơn mua HHDV của doanh nghiệp có thông báo không hoạt động tại địa chỉ của cơ quan thuế chưa đúng quy định; kê khai sai thuế GTGT là hàng hóa trứng gà (chưa qua sơ chế), chi phí lãi vay, khấu hao xuất chuyển cho chi nhánh Miền Bắc không tính thuế thành không chịu thuế.
Bên cạnh đó, HNF còn vi phạm một số quy định về thuế thu nhập doanh nghiệp như chưa điều chỉnh chi phí không được trừ, khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp đối với chi phí lãi vay vượt quá quy định; chưa điều chỉnh chi phí khoản xử phạt chậm nộp do vi phạm hành chính, khoản điều chỉnh chi phí không đúng quy định; chưa điều chỉnh chi phí trích trước không chi hết; hạch toán chi phí đối với các hóa đơn mua hàng hóa dịch vụ của doanh nghiệp có thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký của cơ quan thuế.
Để khắc phục hậu quả của các vi phạm kể trên, HNF sẽ phải đóng khoản tiền phạt hơn 202 triệu đồng, đồng thời bị truy thu hơn 881 triệu đồng và đóng tiền chậm nộp thuế GTGT gần 25 triệu đồng. Tổng cộng, HNF sẽ phải nộp cho cơ quan thuế hơn 1,1 tỷ đồng.
Công ty CP Thực phẩm Hữu Nghị tiền thân là Nhà máy Bánh kẹo cao cấp Hữu Nghị được thành lập năm 1997. Tháng 12.2006, Nhà máy Bánh kẹo Hữu Nghị chính thức được cổ phần hóa với vốn điều lệ ban đầu 22,5 tỷ đồng và đến tháng 3.2011, công ty trở thành thành viên của Tổng công ty Thuốc Lá Việt Nam (VINATABA). Công ty hoạt động chính trong các lĩnh vực Sản xuất thức ăn chế biến sẵn; Chế biến, bảo quản thịt và sản phẩm từ thịt; Sản xuất rượu vang; Kinh doanh bất động sản. Địa bàn kinh doanh của Công ty trên toàn quốc và xuất khẩu sang một số nước Châu Á như Trung Quốc, Thái Lan, Campuchia, Hàn Quốc...
