Cụ thể, kịch bản 1, đầu tư xây dựng mới tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam đường đôi, khổ ray 1.435mm, tốc độ thiết kế 350km/h, tải trọng 17 tấn/trục, chỉ khai thác tàu khách. Tuyến đường sắt Bắc - Nam hiện hữu được nâng cấp để chuyên chở hàng, chở khách du lịch và khách chặng ngắn. Tổng vốn đầu tư kịch bản này khoảng 67,32 tỷ USD.
Kịch bản này có ưu điểm chi phí giải phóng mặt bằng và chi phí đầu tư thấp hơn hai phương án khác, nhưng không có khả năng tăng công suất nếu nhu cầu vận tải hàng hóa trên tuyến đường sắt hiện hữu quá tải.
Kịch bản 2 là xây dựng mới tuyến đường sắt Bắc - Nam đường đôi, khổ ray 1.435mm, tốc độ thiết kế 200 - 250km/h, tải trọng 22,5 tấn/trục, khai thác chung tàu khách và tàu hàng. Tuyến đường sắt Bắc - Nam hiện hữu được hiện đại hóa để chuyên chở hàng, chở khách du lịch và khách chặng ngắn. Tổng vốn đầu tư khoảng 72,02 tỷ USD. Ưu điểm của kịch bản này là vận chuyển cả hành khách và hàng hóa trên cùng tuyến. Kết nối liên vận quốc tế thuận lợi, song tốc độ lưu thông thấp.
Kịch bản 3 là đầu tư tuyến đường sắt Bắc Nam đường đôi, khổ ray 1.435mm, tốc độ thiết kế 350km/h, tải trọng 22,5 tấn/trục, khai thác tàu chở khách và dự phòng cho chở hàng khi có nhu cầu. Tuyến đường sắt hiện hữu nâng cấp để chuyên chở hàng, chở khách du lịch và khách chặng ngắn. Tổng vốn đầu tư dự án 68,98 tỷ USD. Nếu đầu tư hạ tầng, thiết bị, phương tiện để khai thác tàu hàng chạy Bắc - Nam thì vốn đầu tư khoảng 71,69 tỷ USD.
Ưu điểm của kịch bản 3 là tàu vận tải riêng hành khách nên tốc độ cao, tiện nghi, an toàn, có khả năng cạnh tranh với phương tiện khác. Tuy nhiên, nhược điểm là chi phí đầu tư cao, chênh lệch tốc độ giữa tàu khách với tàu hàng càng lớn làm giảm năng lực thông qua.
Ngay từ khi đề xuất và sau nhiều năm rà soát, cập nhật bổ sung hoàn thiện Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam, dù tán thành về việc cần thiết phải đầu tư nhưng vẫn còn nhiều ý kiến khác nhau trong lựa chọn kịch bản nào vì kịch bản nào cũng có những ưu - nhược điểm.
Ý kiến tán thành với kịch bản 1 và 2 thì phân tích, đầu tư theo các kịch bản này sẽ phù hợp với điều kiện kinh tế, khoa học kỹ thuật và nhu cầu thực tiễn. Mặt khác, nước ta đang hoàn thiện quy hoạch mạng lưới đường sắt Bắc - Nam kết nối với tuyến đường sắt TP. Hồ Chí Minh - Cần Thơ nên tốc độ chạy tàu trên tuyến Bắc - Nam cần thống nhất cho phù hợp.
Và rằng đường sắt tốc độ 350km/giờ chỉ có hiệu quả cao trong khoảng cách khoảng 500km vì dưới khoảng này, người dân sẽ chọn đi ô tô và nếu xa hơn sẽ lựa chọn máy bay. Hơn nữa, nếu lựa chọn công nghệ tàu 350km/giờ sẽ phải phụ thuộc hoàn toàn vào công nghệ của nước ngoài. Cho nên, thời điểm hiện nay, nên chọn phương án 250km/giờ và phải đặc biệt lưu ý đến việc làm chủ công nghệ...
Ý kiến tán thành với kịch bản 3 thì cho rằng, công nghệ đường sắt tốc độ cao trên 300km/giờ là công nghệ cao, yêu cầu kỹ thuật đặc biệt, phức tạp. Nếu đầu tư hệ thống đường sắt tốc độ chỉ 200 - 250 km/giờ sau này muốn nâng cấp lên trên 300km/giờ sẽ phải làm lại từ đầu, tốn kém hơn rất nhiều.
Hệ thống đường sắt hiện nay đã lạc hậu, kém hiệu quả là thực tế không thể phủ nhận cho nên cần thiết phải xây dựng tuyến đường sắt cao tốc Bắc - Nam. Vậy nhưng ý kiến của Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà tại buổi làm việc với Bộ Giao thông Vận tải và một số bộ, ngành liên quan về Đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam diễn ra mới đây, điều cốt lõi là phải ra được "đầu bài" cụ thể. Từ đó phân tích, đánh giá kỹ tác động, hiệu quả tổng thể đối với nền kinh tế trong từng phương án.