Để xử lý vấn đề trên, dự luật đã bổ sung một quy định mang tính khái quát “trường hợp các luật khác có quy định về ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp khác với quy định của Luật này thì thực hiện theo quy định của Luật này”. Tuy nhiên, Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật và Tư pháp Hoàng Thanh Tùng cho rằng, với quy định này “chúng ta sẽ vô hiệu hóa rất nhiều quy định”.
Đơn cử như, Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Dược mới được Quốc hội thông qua tại Kỳ họp thứ Tám và đến ngày 1.7 tới mới có hiệu lực có một điều khoản quy định về các trường hợp đầu tư thành lập mới hoặc mở rộng các hoạt động nghiên cứu phát triển công nghệ dược thuộc lĩnh vực ưu tiên với tổng vốn đầu tư tối thiểu là 3.000 tỷ đồng và giải ngân 1.000 tỷ đồng trong 3 năm đầu tiên. Luật cũng có quy định ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, nhưng nếu áp vào quy định nêu trên của dự thảo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp thì chỉ áp dụng được một phần chứ không phải toàn bộ Điều 8 của Luật Dược.
Hay Luật Thủ đô, các Nghị quyết của Quốc hội về thí điểm cơ chế chính sách đặc thù cho một số địa phương, một số dự án trọng điểm như đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam… cũng có những quy định ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp vượt trội so với Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp. Nếu theo quy định được bổ sung trên đây của dự luật Thuế thu nhập doanh nghiệp thì các chính sách vượt trội trong một số Luật và Nghị quyết thí điểm sẽ được thực hiện như thế nào?
Một ví dụ khác, ngành công nghiệp hóa chất với tính chất là một ngành công nghiệp nền tảng, có vị trí, vai trò hết sức quan trọng trong sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước, góp phần bảo đảm an ninh quốc phòng, nhưng lại rất khó thu hút đầu tư, các địa phương không mặn mà, lo ngại nguy cơ ô nhiễm, nên cần thiết phải có các cơ chế, chính sách đủ mạnh để thúc đẩy phát triển, trong đó có cả ưu đãi về thuế. Tuy nhiên, cho ý kiến về dự luật Hóa chất (sửa đổi), Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã thống nhất các ưu đãi về thuế phải được quy định tại các luật thuế.
“Nếu chúng ta không rành mạch về chính sách thì những quy định trong Luật Hóa chất sắp tới và ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp trong một số luật sẽ bị vô hiệu hóa bởi luật này (Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp - PV) hoặc là chúng ta không thực hiện được chủ trương của Đảng”, Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật và Tư pháp nhấn mạnh.
Việc quy định về ưu đãi thuế tản mạn trong các luật chuyên ngành sẽ gây nhiều khó khăn cho quá trình thực thi, áp dụng pháp luật. Ngay trong các dự án Luật gần đây, như dự luật Hóa chất (sửa đổi), dự luật Đường sắt (sửa đổi)..., Ủy ban Thường vụ Quốc hội cũng thống nhất quan điểm các ưu đãi thuế phải quy định tập trung trong các luật về thuế.
Chủ tịch Quốc hội Trần Thanh Mẫn trong Phiên họp thứ 43 cũng nhấn mạnh yêu cầu thống nhất nguyên tắc ưu đãi thuế cần được quy định trong văn bản pháp luật về thuế, không nên lồng ghép các chính sách ưu đãi thuế trong luật chuyên ngành để bảo đảm tính tổng thể, tính nhất quán của hệ thống ưu đãi thuế.
Như vậy, các cơ quan chủ trì thẩm tra, chủ trì soạn thảo dự luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (sửa đổi) phải tập trung rà soát thật kỹ lưỡng các luật đã được thông qua, nhất là những luật đặc biệt như Luật Thủ đô, các Nghị quyết về thí điểm cơ chế, chính sách đặc thù, đặc biệt… nếu có quy định về ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thì phải có phương án xử lý hợp lý để không “vô hiệu hóa” các quy định đã có nhưng vẫn bảo đảm được tính thống nhất của hệ thống pháp luật. Với các dự luật đang được trình Quốc hội thì ngay từ khâu soạn thảo cần nhất quán quan điểm: ưu đãi thuế chỉ nên quy định trong văn bản pháp luật về thuế, những đề xuất ưu tiên, ưu đãi về thuế trong các dự luật chuyên ngành cần được rà soát, đánh giá kỹ lưỡng, thấu đáo để đề xuất quy định ngay trong Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (sửa đổi).
