Nếu không giải quyết được mối quan hệ giữa Đảng ủy - hội đồng trường thì hoặc là vẫn cần bộ chủ quản, hoặc là khẳng định vai trò quản trị đại học thuộc về đảng ủy, và như vậy thì không nhất thiết phải có hội đồng trường trong cơ cấu tổ chức của cơ sở giáo dục đại học.

Xây dựng đại học tự chủ hoàn toàn là hình thức chuyển biến cả về chất và lượng trong mối quan hệ giữa Chính phủ và cơ sở giáo dục đại học thông qua việc Chính phủ hỗ trợ và cho phép các trường đại học thay đổi hoàn toàn hệ thống cấu trúc và quản trị đại học. Trên cơ sở đó, đại học tự chủ có thể tự quyết tất cả các vấn đề liên quan đến sự phát triển của cơ sở giáo dục một cách công khai, minh bạch, hiệu quả với mục tiêu là cơ sở giáo dục xây dựng danh tiếng dựa trên chất lượng đào tạo, nghiên cứu khoa học và dịch vụ xã hội (văn hóa chất lượng). Muốn vậy, cần nhanh chóng hiện thực hóa,thể chế hóachỉ đạo của Trung ương: “Hội đồng trường là cơ quan thực quyền cao nhất trường đại học” và quan điểm "quản lý theo mô hình doanh nghiệp", giải phóng các trường tự chủ khỏi cơ chế chủ quản, các “cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền” không thể tùy tiện can thiệp vào quyền tự chủ của nhà trường đã được Nhà nước trao gửi, tránh những rủi ro không đáng có cho cơ sở giáo dục đại học đi tiên phong trong việc thực hiện cơ chế tự chủ, như việc hội đồng trường của trường đại học tự chủ nào đó phải bầu “theo quy hoạch” của cơ quan chủ quản chẳng hạn.

Do đó, phải thiết kế lại hệ thống quan trị và quản lý trường đại học tự chủ. Việc các văn bản pháp quy đã không phản ánh đầy đủ vai trò thực chất của tất cả các tổ chức tham gia vào quá trình lãnh đạo, quản trị, quản lý cơ sở giáo dục đã làm cho mô hình tự chủ bị méo mó, không phản ánh đầy đủ và trung thực "thế giới khách quan" của trường đại học. Do đó, về mặt thiết kế hệ thống, cần có tổ chức Đảng, và giải quyết thỏa đáng mối quan hệ giữa ba thiết chế quản trị trường đại học tự chủ, làm sáng tỏvị trí, vai trò, nhiệm vụ, quyền hạn, và mối quan hệ giữa ba thiết chế đảng ủy, hội đồng trường và ban giám hiệu; gỡ‘điểm nghẽn’ này theo hướng giao thực quyền cho hội đồng trường.

 Nếu không giải quyết được mối quan hệ giữa đảng ủy - hội đồng trường, thì hoặc là vẫn cần bộ chủ quản, hoặc là khẳng định vai trò quản trị đại học thuộc về đảng ủy, và như vậy thì không nhất thiết phải có hội đồng trường trong cơ cấu tổ chức của cơ sở giáo dục đại học. Và bất kể sử dụng mô hình nào, điều tối quan trọng là luật hóa để bảo đảm khoảng không thỏa đáng dành cho tự chủ và bảo vệ những người dám đi tiên phong trong thí điểm tự chủ.

Kiến nghị này xuất phát từ quan niệm trường đại học công lập thuộc sở hữu công, quyền sở hữu đó được giao cho đại diện của nó là hội đồng trường; do đó, nếu thực hiện đầy đủ cơ chế hội đồng trường, xác định đúng vai trò của hội đồng trường thì không cần đến cơ chế bộ chủ quản và cũng ko còn trường trực thuộc nữa. Mặt khác, hội đồng trườngchỉ có thể phát huy vai trò của mình đầy đủ và hoạt động có hiệu quả cao khi cơ chế bộ chủ quản được xóa bỏ. Ngày nay, tổ chức hội đồng trường chỉ thích hợp và cần thiết khi lựa chọn cơ chế điều phối tự quản; theo cơ chế này, chủ sở hữu của trường đại học công lập là chủ sở hữu cộng đồng, không phải chỉ có cơ quan chủ quản mà còn có giáo chức, cán bộ nhân viên, sinh viên, nhà tài trợ, cựu sinh viên, các nhà hoạt động có uy tín ngoài xã hội... Rõ ràng, nếu tuân theo cơ chế này thì sẽ không còn khái niệm “bộ chủ quản”. 

Tuy nhiên, để xóa bỏ cơ chế chủ quản cũng còn gặp nhiều vướng mắc về cơ chế, rất cần được tháo gỡ và định hướng. Ví dụ, các quy định hiện hành do các cơ quan chủ quản đặt ra có giá trị đến đâu và mối quan hệ giữa cơ quan chủ quản và trường đại học trực thuộc sẽ như thế nào? Với câu hỏi này, vướng mắc trước tiên nằm ở bản chất và hình thái mối quan hệ được gọi là cơ chế chủ quản, vai trò của cơ quan chủ quản đối với các cơ sở giáo dục đại học công lập là thực hiện quyền đại diện của sở hữu nhà nước trong các cơ sở giáo dục đại học. Cơ quan chủ quản sẽ quản lý trường thông qua đại diện mà mình cử vào hội đồng trường, chứ không theo kiểu cấp phát kinh phí, duyệt cấp biên chế, ra lệnh, chỉ đạo… như ‘thời xưa’ nữa. Hơn thế, cơ quan chủ quản còn phải tôn trọng các quyết định về mặt chuyên môn của nhà trường, vì tự chủ về mặt chuyên môn, học thuật mới là hồn cốt của giáo dục đại học. Nghĩa là, chủ trương “Hội đồng trường là cơ quan thực quyền cao nhất trường đại học” phải được thể chế hóa rạch ròi, tường minh, tâm phục khẩu phục.

Muốn vậy, trong luật và các văn bản dưới luật phải làm rõ mối quan hệ chủ quản và trực thuộc, cũng như vai trò, trách nhiệm, nghĩa vụ và quyền lợi của các bên. Những quy định không rõ ràng là căn nguyên cho mâu thuẫn và những cách diễn giải sai lệch về cơ chế này; ví dụ như, không phải ai cũng có thể trả lời đúng về khái niệm "người đứng đầu" cơ sở giáo dục là ai trong các văn bản pháp quy hiện nay của Nhà nước.