Kết quả kiểm toán năm 2010 về niên độ ngân sách năm 2009 được tổng hợp từ báo cáo của 420 cuộc kiểm toán. Qua kiểm toán, Kiểm toán Nhà nước cho rằng, quản lý và điều hành thu, chi ngân sách đã có những chuyển biến, góp phần quan trọng vào việc thực hiện thành công mục tiêu chống suy giảm kinh tế, duy trì tăng trưởng, bảo đảm an sinh xã hội. Phần lớn các đơn vị đã sử dụng ngân sách đúng quy định, các khoản chi không đúng chế độ, tiêu chuẩn, định mức giảm so với năm 2008. Tình trạng chi sai đối tượng, nội dung của các chương trình mục tiêu đã có chuyển biến, các sai phạm dần được khắc phục. Phân bổ vốn của các chương trình này cơ bản đúng định mức, đối tượng, nội dung và đã kịp thời hơn.
Tuy nhiên, qua kiểm toán, Kiểm toán Nhà nước đã phát hiện và kiến nghị tăng thu 4.904,4 tỷ đồng; xử lý giảm chi 2.462,7 tỷ đồng; nợ đọng phát hiện tăng thêm 697,7 tỷ đồng; các khoản phải nộp, hoàn trả và quản lý qua Ngân sách nhà nước 7.962,2 tỷ đồng. Lượng vốn từ ngân sách Nhà nước phải xử lý tài chính còn lớn là do ngay từ khâu lập dự toán thu, chi còn nhiều thiếu sót, hạn chế. Trong đó, việc lập dự toán thu xuất nhập khẩu không bảo đảm tỷ lệ tăng 5-7% theo quy định tại Thông tư số 54 của Bộ Tài chính. Đối với thu nội địa, một số địa phương đã có dự toán thu được Trung ương giao thấp hơn mức thực hiện năm 2008. Đương nhiên là con số trong thực hiện sẽ cao hơn với dự toán, là một thành tích của địa phương. Nhưng đây không phải là tin vui, mà là khoảng chênh của thành tích và khoảng chênh của lợi ích cục bộ. Do đó, công tác giám sát, kiểm soát việc sử dụng ngân sách nhà nước dẫn đến bị động bị động.
Tương tự, công tác lập và giao dự toán chi của các bộ ngành, địa phương cũng chưa khắc phục những thiếu sót từ năm trước như: lập dự toán chậm, dự toán một số nhiệm vụ chi lập thiếu cơ sở (không tập hợp đầy đủ từ dự toán của các đơn vị trực thuộc), thiếu thuyết minh...; giao dự toán cho một số đơn vị còn chậm, một số khoản chi lập và giao dự toán chưa sát yêu cầu nhiệm vụ nên khi thực hiện phải hủy dự toán, hoàn trả ngân sách hoặc chuyển nguồn sang năm sau. Một số địa phương phân bổ dự toán cho một số nội dung không có định mức, nhiệm vụ chi cụ thể. Bố trí vốn cho các dự án còn dàn trải, chưa phù hợp với thời gian, tiến độ theo quyết định đầu tư của dự án, chưa ưu tiên bố trí vốn thanh toán nợ, thậm chí bố trí vốn chưa bảo đảm đầy đủ căn cứ, thủ tục.
Trong công tác quản lý chi có nghịch lý là chi quản lý hành chính tăng thì các khoản chi cần bảo đảm tỷ lệ trong tổng chi ngân sách lại giảm. Cụ thể là chi sự nghiệp y tế giảm 8,7%, khoa học công nghệ giảm 13,2%, giáo dục, đào tạo và dạy nghề giảm 3,7%. Đặc biệt là tỷ lệ chi chuyển nguồn trong tổng chi ngân sách Nhà nước đã giảm so với năm 2008, chỉ ở mức 27,4%. Nhưng về số tuyệt đối thì vẫn tăng so với các năm trước. Đại diện Kiểm toán Nhà nước cho rằng, ngoài các khoản chuyển nguồn có lý do khách quan, thì số lượng khoản chuyển nguồn do triển khai chậm còn lớn. Như vậy, nhiều nhiệm vụ chi được giao chưa hoàn thành trong năm, làm giảm hiệu quả sử dụng ngân sách Nhà nước. Theo Phó chủ nhiệm Ủy ban Tài chính và Ngân sách Bùi Đặng Dũng, việc giải ngân vốn chậm không chỉ do năng lực thực hiện của địa phương, chủ đầu tư còn hạn chế. Một nguyên nhân khác của tình trạng này là do giao dự toán chậm, không giao hết kinh phí ngay từ đầu năm. Nguồn vốn thực hiện không được cấp sớm, chia làm nhiều lần nhỏ khiến địa phương, chủ đầu tư khó dốc sức để đẩy nhanh tiến độ, hoàn thành đúng các thời hạn đã đề ra. Trong bối cảnh điều kiện tài chính của nước ta còn hạn chế thì lượng chuyển nguồn lớn từ năm này sang năm khác là sự lãng phí cần sớm được chấn chỉnh.
Tình trạng chi thường xuyên vượt dự toán giao đầu năm tại các địa phương chậm được khắc phục. 31/32 tỉnh, thành phố được kiểm toán đều chi vượt dự toán chi thường xuyên được hội đồng nhân dân giao đầu năm, trong đó 9/32 tỉnh mức vượt trên 30%; 19/32 tỉnh, thành phố chi quản lý hành chính vượt trên 30% dự toán hội đồng nhân dân tỉnh giao. Tình trạng này xảy ra là do công tác lập dự toán chưa sát thực tế, việc quản lý sử dụng chi thường xuyên, chi tăng thu đều thiếu chặt chẽ, để xảy ra các sai phạm, gây lãng phí ngân sách. Và công tác ghi thu, ghi chi các khoản viện trợ, khoản thu để lại chi cho công tác quản lý qua ngân sách không được thực hiện kịp thời, đầy đủ. Đặc biệt, việc cho vay sai quy định, tạm ứng kéo dài nhiều năm, chậm hoặc chưa thu hồi tuy có giảm so năm 2008 (năm 2009 là 3.081,3 tỷ đồng, năm 2008 là 4.683 tỷ đồng) song còn xảy ra ở nhiều tỉnh, thành phố được kiểm toán (năm 2008 có 12/37 tỉnh; năm 2009 có 18/32 tỉnh). Một số bộ, ngành còn số dự nợ phải thu lớn, kéo dài, trong khi, ngân sách Nhà nước vẫn phải đi vay để trả lãi.
Những hạn chế trong công tác quản lý và điều hành thu, chi ngân sách được Kiểm toán Nhà nước phát hiện trong Báo cáo kiểm toán năm 2010 về niên độ ngân sách năm 2009 không mới. Song không thể xuê xoa với các hạn chế, bất cập này. Các bộ, ngành, địa phương cần nghiêm túc tiếp thu và khắc phục trong quá trình quản lý, điều hành thu, chi ngân sách theo kiến nghị, kết luận của Kiểm toán Nhà nước. Bởi việc chuyển nguồn, chi vượt dự toán, sử dụng sai mục đích… đều là lãng phí trong sử dụng ngân sách nhà nước. Với điều kiện tài chính còn hạn chế của nước ta, thì từng sự lãng phí nhỏ đều phải kịp thời khắc phục, không nên lặp đi, lặp lại như hiện nay.