Theo Báo cáo các chỉ tiêu chủ yếu đánh giá mức độ phát triển doanh nghiệp của các thành phố trực thuộc Trung ương năm 2017 và giai đoạn 2010 - 2016 do Tổng cục Thống kê công bố, doanh nghiệp đầu tư trực tiếp nước ngoài (FDI) có tốc độ tăng doanh thu nhanh nhất trong các thành phần kinh tế với doanh thu năm 2016 đạt 4,8 triệu tỷ đồng và mức tăng doanh thu trung bình của giai đoạn 2010 - 2016 đạt tới 23%. Dù có số lượng doanh nghiệp, lao động, vốn chiếm tỷ lệ không cao nhưng tạo ra lợi nhuận lớn nhất so với các thành phần kinh tế còn lại. Năm 2016, các doanh nghiệp FDI tạo ra 327,4 nghìn tỷ đồng lợi nhuận, chiếm 45,9% lợi nhuận của toàn bộ doanh nghiệp. Với lợi nhuận tạo ra lớn nhất nhưng doanh nghiệp FDI lại có tỷ lệ đóng góp vào ngân sách nhà nước thấp nhất trong các thành phần kinh tế, với 250,9 nghìn tỷ đồng năm 2016.
Có nhiều nguyên nhân khiến việc đóng góp ngân sách của khu vực FDI ít. Đầu tiên, do chính sách thu hút FDI nên các doanh nghiệp thuộc lĩnh vực sản xuất sản phẩm công nghệ cao như lắp rắp, phân phối sản phẩm viễn thông, linh kiện điện tử được miễn giảm nhiều loại thuế, trong đó có thuế thu nhập doanh nghiệp. Hơn nữa, nhiều doanh nghiệp FDI trong ngành công nghệ cao được miễn thuế nhập khẩu. Ngoài chính sách thuế do Nhà nước quy định, để thu hút doanh nghiệp các địa phương cũng có chính sách miễn giảm thuế. Trước đây, Bộ Kế hoạch và Đầu tư quản lý chung về FDI, các địa phương có chính sách ưu đãi chung. Nhưng sau khi phân cấp về địa phương, mỗi nơi có mức thu hút khác nhau. Ngoài các ưu đãi, một số doanh nghiệp FDI còn “lách luật”, chuyển giá mà cơ quan nhà nước chưa phát hiện ra hoặc chưa có chế tài xử phạt.
Để giải quyết hạn chế của khu vực FDI, Chính phủ, bộ, ngành cần rà soát chặt chẽ để khống chế việc các địa phương cho ưu đãi vượt mức để thu hút dự án FDI, nhằm tạo công bằng cho các khu vực kinh tế.