Việc chưa tách bạch rõ trách nhiệm trong quản lý nguồn nước với trách nhiệm quản lý công trình khai thác, sử dụng nước cũng như các hoạt động liên quan đến nước, trong khi một số nội dung của pháp luật có liên quan chưa thống nhất là nguyên nhân gây chồng chéo về nhiệm vụ, bất cập trong phối hợp trong triển khai giữa các bộ, ngành, địa phương.