Số hồ sơ doanh nghiệp hủy đề nghị hoàn là 13 hồ sơ, tương ứng số tiền đề nghị hoàn là 67,59 tỷ đồng. Lý do là doanh nghiệp sau khi gửi hồ sơ đề nghị hoàn thì tự rà soát đối chiếu với quy định về hoàn thuế nhận thấy hồ sơ của doanh nghiệp bị thiếu, kê khai sai, cần điều chỉnh số liệu... nên cần thời gian để xem xét lại hồ sơ, sổ sách chứng từ.
Số hồ sơ cơ quan thuế từ chối đề nghị hoàn là 3 hồ sơ, tương ứng số tiền đề nghị hoàn là 2,71 tỷ đồng. Nguyên nhân là cơ quan thuế rà soát đối chiếu theo quy định của pháp luật thì thấy doanh nghiệp nộp hồ sơ thiếu, sai mẫu hồ sơ đề nghị hoàn, hồ sơ đề nghị hoàn không đủ thủ tục...
Cũng trong thời gian này, số hồ sơ đề nghị hoàn chưa được cơ quan thuế giải quyết (chưa hoàn tính đến ngày 17.5.2023) là 28 hồ sơ, tương ứng số tiền đề nghị hoàn 110,33 tỷ đồng, tỷ lệ 45,9 % so với tổng số hồ sơ cơ quan thuế đã giải quyết hoàn (28/61 hồ sơ) .
Sở dĩ số hồ sơ chưa được hoàn cao, lên tới 45% do nhiều nguyên nhân như hồ sơ đang trong thời gian giải quyết theo quy định; doanh nghiệp đã được chuyển hồ sơ sang cơ quan công an để điều tra, xác minh; do doanh nghiệp xin tạm dừng, hoãn thời gian kiểm tra; do doanh nghiệp chưa cung cấp đủ hồ sơ tài liệu số liệu, do đang chờ kết quả xác minh...
Bộ Tài chính thông tin thêm, trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, đối với các hồ sơ cần thực hiện xác minh thì cơ quan thuế chủ yếu xác minh đến doanh nghiệp trung gian bán hàng trực tiếp cho doanh nghiệp hoàn thuế (doanh nghiệp F1).
Cụ thể, trong số 58 hồ sơ cơ quan thuế thực hiện xác minh các doanh nghiệp trung gian, có 50 hồ sơ xác minh đến doanh nghiệp trung gian F1 (chiếm tỷ lệ 86% trên tổng số hồ sơ thực hiện xác minh), 8 hồ sơ xác minh đến doanh nghiệp trung gian F2 (chiếm tỷ lệ 14% trên tổng số hồ sơ thực hiện xác minh.
Qua công tác xác minh đã phát hiện 48 doanh nghiệp trung gian bỏ địa chỉ kinh doanh, tạm dừng hoạt động, chuyển hồ sơ sang cơ quan công an. Cụ thể, có 30 doanh nghiệp F1 tạm dừng hoạt động, 13 doanh nghiệp F1 bỏ địa chỉ kinh doanh, 4 doanh nghiệp F2 tạm dừng hoạt động và một doanh nghiệp F2 bỏ địa chỉ kinh doanh.
Riêng tại TP. Hồ Chí Minh, có 1.105 doanh nghiệp kinh doanh mặt hàng gỗ và sản phẩm từ gỗ bỏ địa chỉ kinh doanh, tạm dừng hoạt động, chiếm tỷ lệ 14,5% so với số liệu cả nước. Đặc biệt, trong số này có 22 doanh nghiệp nằm trong vụ án đã khởi tố, điều tra về tội mua bán hóa đơn bất hợp pháp trong thời gian qua.