Đại hội đồng
Đây là cơ quan chính trị chính của IPU, qua đó các nghị viện thành viên thông qua các nghị quyết về hành động của nghị viện đối với các vấn đề thế giới. Cơ quan này đóng một vai trò quan trọng trong việc giải quyết các vấn đề đe dọa hòa bình, dân chủ và phát triển, cả trong hiện tại và tương lai. Sự tham gia của các nghị sĩ trên thế giới tại các Đại hội đồng mang thông điệp rằng, ý chí của công dân trên tất cả các khu vực được phản ánh và thể hiện trong các quyết định và tuyên bố của Đại hội đồng.
Đại hội đồng gồm các nghị sĩ được các nghị viện thành viên chỉ định là đại biểu. Số lượng đại biểu của mỗi nghị viện tham dự kỳ họp thường niên không quá 8 đại biểu đối với các quốc gia có dân số dưới 100 triệu người, hoặc 10 đại biểu đối với các quốc gia có dân số trên 100 triệu người. Đoàn đại biểu nào nếu có ít nhất một nghị sĩ là thuộc nhóm nghị sĩ trẻ sẽ được cộng thêm một người. Đoàn đại biểu nào chỉ gồm các nghị sĩ cùng giới sẽ phải giảm bớt một người. Hai quy định này nhằm khuyến khích sự tham gia của giới trẻ và phụ nữ vào hoạt động nghị trường ở các nghị viện thành viên.
Chương trình nghị sự của Đại hội đồng do Hội đồng điều hành thông qua trên cơ sở khuyến nghị của Ban chấp hành được gửi cho các Đoàn đại biểu quốc gia khoảng 2 - 3 tháng trước khi khai mạc kỳ họp. Các chủ đề cụ thể trong chương trình nghị sự được thảo luận tại bốn ủy ban liên quan: Ủy ban về các vấn đề Chính trị, An ninh quốc tế và Giải trừ quân bị; Ủy ban về các vấn đề Lập pháp, Tư pháp và Quyền con người; Ủy ban về các vấn đề Kinh tế và Xã hội; Ủy ban Giáo dục, Khoa học, Văn hóa và Môi trường.
Hội đồng Điều hành
Hội đồng Điều hành là cơ quan hành chính và hoạch định chính sách của IPU, chịu trách nhiệm ấn định chương trình hoạt động và ngân sách hàng năm của tổ chức, quyết định kết nạp hay đình chỉ tư cách thành viên chính thức và thành viên liên kết IPU, lập danh sách Quan sát viên.
Hội đồng Điều hành bầu ra Chủ tịch và Tổng thư ký; quyết định về nhiệm vụ và thành phần của các ủy ban, nhóm công tác và các cơ quan đặc biệt; chịu trách nhiệm xác định thời gian và địa điểm diễn ra kỳ họp của Đại hội đồng IPU đồng thời phê duyệt địa điểm và ngày diễn ra các sự kiện trong tương lai về các vấn đề cụ thể.
Hội đồng Điều hành gồm đại diện của tất cả các nghị viện thành viên, mỗi nghị viện 3 nghị sĩ. Nhiệm kỳ của Ủy viên Hội đồng Điều hành bắt đầu từ kỳ họp Đại hội đồng lần này đến kỳ họp Đại hội đồng kế tiếp. Tất cả các Ủy viên Hội đồng điều hành đều phải là nghị sĩ đương nhiệm. Mỗi năm Hội đồng Điều hành có hai cuộc họp vào dịp các kỳ họp Đại hội đồng.
Ban Chấp hành
Ban Chấp hành gồm Chủ tịch Hội đồng Điều hành, 15 thành viên được bầu chọn từ các nhóm địa chính trị; Chủ tịch Ủy ban Điều phối Hội nghị nữ nghị sĩ và Chủ tịch Diễn đàn Nghị sĩ trẻ. Quy định này đã được áp dụng từ năm 2018 nhằm bảo đảm Chủ tịch Hội nghị nữ nghị sĩ và Chủ tịch Diễn đàn Nghị sĩ trẻ có một ghế đương nhiên trong Ban Chấp hành.
Ban Chấp hành là cơ quan hành chính của IPU, có nhiệm vụ xem xét đơn xin gia nhập của các nghị viện quốc gia và thông báo kết quả cho Hội đồng Điều hành; xác định thời gian và nội dung các phiên họp của Hội đồng… thực hiện các nhiệm vụ mà Hội đồng Điều hành Ủy quyền.
Ban Thư ký
Ban Thư ký là cơ quan thường trực của IPU, gồm toàn bộ nhân viên của tổ chức đặt dưới sự chỉ đạo của Tổng Thư ký. Ban Thư ký có nhiệm vụ quản lý hồ sơ về các nghị viện thành viên và tích cực vận động các nghị viện khác gia nhập Liên minh; thu thập và phổ biến thông tin có liên quan đến cơ cấu tổ chức và chức năng của các thể chế đại diện; duy trì liên lạc giữa IPU với các tổ chức quốc tế, bảo đảm sự có mặt của IPU tại các hội nghị quốc tế khác; bảo quản hồ sơ lưu trữ của IPU…
Ngoài ra, IPU còn có Hiệp hội các Tổng thư ký nghị viện (ASGP), là một cơ chế tư vấn của IPU. Thành viên của ASGP gồm các Tổng thư ký hay Phó Tổng thư ký của nghị viện hoặc các Tổ chức liên nghị viện. Trong trường hợp đặc biệt, ASGP có thể chấp nhận sự tham gia của một viên chức cao cấp do Tổng thư ký nghị viện đề cử. ASGP thực hiện chức năng nghiên cứu pháp luật, cơ chế hoạt động và thủ tục của các nghị viện, bảo đảm và khuyến khích sự hợp tác giữa các cơ quan phục vụ của các nghị viện khác nhau. Hoạt động của ASGP và các cơ chế tư vấn quốc tế của IPU mang tính chất bổ trợ được thực hiện trên cơ sở hợp tác và phối hợp chặt chẽ với nhau. ASPG hoạt động trên nguyên tắc tự chủ và mỗi năm tổ chức hai phiên họp cùng thời gian và cùng địa điểm với các kỳ họp Đại hội đồng IPU.
Các Ủy ban Thường trực hỗ trợ công việc của Đại hội đồng. Số lượng và quy chế hoạt động của các Ủy ban do Hội đồng Điều hành quyết định. Thông thường, các Ủy ban Thường trực có nhiệm vụ soạn thảo các báo cáo hoặc các dự thảo nghị quyết của Đại hội đồng. Hội nghị nữ Nghị sĩ, Ủy ban về Nhân quyền của Nghị sĩ, Diễn đàn Nghị sĩ trẻ họp cùng thời gian với các kỳ họp của Đại hội đồng IPU, có Quy chế riêng do Hội đồng điều hành thông qua.
Các nhóm địa chính trị: Các thành viên có thể thành lập các Nhóm địa chính trị. Mỗi nhóm quyết định phương thức làm việc tốt nhất phù hợp với sự tham gia trong các hoạt động của tổ chức này. Nhóm thông báo cơ cấu, danh sách thành viên và Điều lệ của mình với Ban thư ký. Các thành viên thuộc nhiều nhóm địa chính trị khác nhau thông báo với Tổng thư ký nhóm địa chính trị nào mà họ đại diện để giới thiệu ứng cử viên vào các chức vụ trong IPU.
