Hai bên cũng thống nhất thời gian triển khai thực hiện Sáng kiến chung Việt Nam - Nhật Bản giai đoạn V trong vòng 18 tháng (từ tháng 7/2013 đến tháng 12/2014). Theo đó, sẽ có hai cuộc họp đánh giá giữa kỳ (vào tháng 12/2013 và tháng 6/2014) và một cuộc họp cấp cao để đánh giá kết quả thực hiện Sáng kiến chung giai đoạn V vào tháng 12/2014.
Trong 4 giai đoạn, với tổng số 337 hạng mục trong Kế hoạch hành động Sáng kiến chung Việt Nam - Nhật Bản thì 286 hạng mục được triển khai tốt và đúng tiến độ chiếm 85% tổng số hạng mục cam kết.