Để giải quyết tình trạng trên, công tác kiểm tra quản lý từng bước được thực hiện quy củ, phân chia thành các phân khu bảo vệ nghiêm ngặt. Du khách muốn tham quan du lịch phải đi theo tuyến, có hướng dẫn viên là cán bộ Vườn phối hợp với phòng văn hóa du lịch hướng dẫn, quản lý.
Tại các xã San Sả Hồ, Lao Chải, Tả Van, Bản Hồ thuộc huyện Sa Pa, tỉnh Lào Cai và các xã Mường Khoa, Thân Thuộc huyện Tân Uyên, Lai Châu đã có hơn 300 hộ dân tham gia ký cam kết bảo vệ rừng và thú rừng; không vứt rác thải, hóa chất gây tác động xấu đến môi trường sinh thái của vườn.