Việc thực hiện kết luận sau thanh tra bao gồm các nội dung thu hồi tiền, xử lý về tài sản và xử lý cán bộ. Tuy nhiên, theo ĐBQH Nguyễn Thị Việt Nga (Hải Dương), hiện nay qua theo dõi thì thấy việc thực hiện kết luận của thanh tra ở các địa phương, cơ quan, đơn vị mới chỉ chú trọng đến việc thu hồi tiền, còn nội dung xử lý về tài sản và xử lý cán bộ thì chưa thực sự được chú trọng. Đại biểu đề nghị Tổng Thanh tra cho biết nguyên nhân của tình trạng trên và những giải pháp khắc phục trong thời gian tới.
Về vấn đề này, Tổng Thanh tra Chính phủ Đoàn Hồng Phong nêu rõ, Kết luận của Thanh tra Chính phủ thường có 3 phần: một là, về kiến nghị xử lý cơ chế, chính sách; hai là, kiến nghị xử lý về kinh tế; ba là, kiến nghị chuyển cơ quan điều tra. Trong đó, về kiến nghị thu hồi kinh tế thường có xử lý hành chính đối với tập thể, cá nhân có vi phạm.
"Đại biểu nói là các địa phương thì mới xử lý những vấn đề về kinh tế mà chưa xử lý cán bộ. Trong kết quả 9 tháng đầu năm đối với xử lý cán bộ của toàn ngành thì đã xử lý 1.714 tổ chức và 4.988 cá nhân, quá trình chuyển cơ quan điều tra là 76 vụ, 93 đối tượng". Nhắc lại số liệu này, Tổng Thanh tra Chính phủ cũng cho rằng, việc xử lý sau thanh tra còn có những hạn chế. "Trong thời gian tới chúng tôi tiếp tục lãnh đạo, chỉ đạo làm sao đẩy nhanh thực hiện đúng theo các kết luận của thanh tra, kể cả Thanh tra Chính phủ cũng như thanh tra các địa phương", ông nói.
Bày tỏ rất đồng tình với trả lời của Tổng Thanh tra Chính phủ về đạo đức công vụ cũng như nâng cao liêm chính trong hệ thống, ĐBQH Phạm Thị Thanh Mai (TP. Hà Nội) cũng đề nghị Tổng Thanh tra cho biết hướng xử lý những vướng mắc trong xác định giá trị đất, đặc biệt là đối với những dự án theo kết luận của Thanh tra phải tính lại tiền đất do không thông qua hoạt động đấu thầu, đấu giá.
Tổng Thanh tra Chính phủ cho biết, thời gian vừa qua, việc thực hiện kết luận thanh tra, kiểm tra và việc thực hiện bản án liên quan đến đất đai có rất nhiều khó khăn, vướng mắc, trong đó có những việc khó khăn, vướng mắc nổi bật nhất mà rất nhiều nơi xảy ra, đặc biệt, đăng trên mạng có 3 Bí thư Tỉnh ủy nói là "băn khoăn về việc xác định lại và thu hồi đất theo kết luận thanh tra, kiểm tra".
Để khắc phục những việc này, Tổng Thanh tra Chính phủ cho biết, thực hiện chỉ đạo của lãnh đạo chủ chốt, Ban cán sự đảng Chính phủ đã giao cho Thủ tướng và Thủ tướng đã có Quyết định 153 để giải quyết khó khăn tổng thể nhằm tháo gỡ khó khăn, vướng mắc liên quan đến các dự án, đất đai trong các kết luận thanh tra, kiểm tra, bản án.
Việc thực hiện xác định lại giá trị đất thì căn cứ vào Thông tư 145 của Bộ Tài chính và Thông tư 36 của Bộ Tài nguyên, trong quá trình thực hiện thì có khó khăn. Do vậy, để giải quyết vấn đề này, theo Quyết định 153 của Thủ tướng, đó là phương án tháo gỡ khó khăn liên quan đến dự án đất đai trong việc thực hiện kết luận thanh tra, kiểm tra thì các địa phương có khó khăn, vướng mắc này phải báo cáo với Chính phủ, Chính phủ sẽ giao cho các bộ, ngành liên quan rà soát và báo cáo với Ban cán sự đảng Chính phủ, trên cơ sở đó Ban cán sự đảng Chính phủ trình Bộ Chính trị cho ý kiến chỉ đạo. Trên cơ sở có ý kiến chủ trương của Bộ Chính trị sẽ trình với Quốc hội ban hành nghị quyết đặc thù để giải quyết các vấn đề khó khăn, vướng mắc khi thực hiện kết luận thanh tra, kiểm tra, trong đó có nội dung về xác định lại giá trị đất.