Theo Văn bản số 103/CV-VASEP của Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP), đơn vị nhận được phản ánh của các doanh nghiệp (DN) hội viên tại tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu liên quan một số vướng mắc về thuế. Cụ thể, thời gian gần đây, Cục Thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu đã tổ chức thanh, kiểm tra thuế giai đoạn 2016 - 2017 tại một số DN chế biến thuỷ sản (CBTS) xuất khẩu trên địa bàn tỉnh. Quá trình thanh, kiểm tra đã phát hiện các DN CBTS kê khai một số tàu thuyền đánh bắt hải sản chưa có giấy phép khai thác. Cục Thuế đã loại tất cả chi phí thu mua nguyên liệu từ những tàu thuyền này vì xem đó là chi phí không hợp lý, hợp lệ.
Điều này dẫn đến việc các DN CBTS bị truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp 20% trên toàn bộ chi phí nguyên liệu đầu vào mua từ các tàu cá trên và bị phạt chậm nộp (tính từ năm 2016 - 2017 đến nay) tương đương 20%. Nghĩa là, DN chế biến phải đóng thêm khoản thuế thu nhập doanh nghiệp và phạt chậm nộp bằng 40% chi phí nguyên liệu. Điều này có nguy cơ dẫn đến các DN CBTS rơi vào tình trạng vô cùng khó khăn.
Theo VASEP, phần lớn DN CBTS xuất khẩu thu mua nguyên liệu qua các cơ sở thu mua, với sự giám sát về chất lượng, chủng loại của các nhân viên thu mua của DN. Nhân viên này đại diện DN ghi rõ số tàu khai thác, ngày cập cảng... Chủ cơ sở thu mua mua lại toàn bộ nguyên liệu thủy sản khác nhau của tàu đó, tiến hành phân loại cá theo chủng loại và mức chất lượng rồi bán cho DN chế biến theo số lượng và chất lượng mà doanh nghiệp đã đặt hàng.
Văn bản của VASEP cũng nêu, theo phản ánh của các DN, giai đoạn 2016 -2017, phần lớn các cơ sở thu mua đã đăng ký giấy phép kinh doanh thì có xuất hóa đơn tài chính cho DN, nhưng vẫn còn một số sơ sở chưa đăng ký giấy phép kinh doanh nên không xuất được hóa đơn tài chính mà họ chỉ làm bảng kê mua bán theo mẫu 01/TNDN của Thông tư 96/2015/TT-BCT.
Bên cạnh đó, theo quy định của pháp luật, DN không có quyền kiểm tra giấy phép khai thác của tàu thuyền đánh bắt hải sản. Quyền cấp và kiểm tra giấy phép khai thác thuộc về các cơ quan thẩm quyền của Nhà nước như Bộ đội Biên phòng, Chi cục Kiểm ngư, Chi cục Thủy sản, Ban Quản lý cảng cá...
Khi DN mua nguyên liệu qua các cơ sở thì DN chỉ biết căn cứ vào các thông tin tự khai của các cơ sở thu mua, có sự giám sát của nhân viên thu mua của DN thu mua nguyên liệu.
“Với trường hợp DN mua nguyên liệu trực tiếp từ tàu khai thác do ngư dân không có hóa đơn nên khi mua nguyên liệu, DN đã thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính tại Thông tư 96/2015/TT-BTC lập bản kê 01/TNDN với đầy đủ các mục khai báo ngày, tháng, năm mua hàng, thông tin người bán (họ tên, địa chỉ, CMND), thông tin hàng hóa mua vào; tên mặt hàng, số lượng, đơn giá, tổng giá thanh toán). Tại mẫu số 01/TNDN không quy định khai báo các giấy tờ khác (như giấy phép khai thác, giấy chứng nhận an toàn thực phẩm, đăng kiểm...) nên thời điểm đó, DN không đề nghị chủ tàu cá cung cấp cũng như không khai thông tin này ở mẫu số 01/TNDN. Do vậy, chúng tôi thấy rằng không có cơ sở pháp lý để cơ quan thuế cho rằng đây là lỗi của DN chế biến vì không kiểm tra tàu có giấy phép khai thác hợp pháp hay không để thu thuế và phạt chậm nộp các doanh nghiệp”, văn bản của VASEP nêu.
Cũng theo văn bản của VASEP, một thực tiễn nữa là việc thanh, kiểm tra cho giai đoạn 2016 - 2017 của Cục thuế - tức là đã 8 năm, nên có những tàu khai thác không còn hoạt động, hoặc chủ tàu đã chuyển nghề hay chuyển đi nơi khác sinh sống hoặc thậm chí đã chết. Thêm vào đó ngư dân, chủ tàu là lao động chân tay, trình độ dân trí thấp, chủ yếu làm việc trên biển nên họ cũng không quen (hoặc không làm) việc ghi chép và lưu trữ chứng từ mua bán hải sản cho các doanh nghiệp. Do vậy, DN có đi gặp ngư dân xác minh lại thông tin 8 năm trước đã bán hải sản cho DN thì ngư dân cũng không thể nhớ để xác minh đúng và đầy đủ.
Vì tầm quan trọng của vấn đề, VASEP báo cáo và kiến nghị Tổng cục Thuế một số nội dung sau: xem xét và tháo gỡ cho các DN thủy sản tại Bà Rịa - Vũng Tàu việc Cục Thuế địa phương thực hiện thanh, kiểm tra đồng thời các giấy tờ (giấy phép khai thác…) của tàu cá trong giai đoạn 8 năm trước (2016 - 2017) để quyết định chi phí nguyên liệu của doanh nghiệp là hợp lý hay không? Khi mà các văn bản quy phạm pháp luật của ngành Thuế cũng như mẫu 01/TNDN không có các quy định hoặc dẫn chiếu cụ thể tới các giấy tờ này.
Ban hành hướng dẫn chi tiết về các hồ sơ chứng từ cần thiết đối với các lô nguyên liệu mà doanh nghiệp thủy sản thu mua (doanh nghiệp mua nguyên liệu của ngư dân khai thác, mua từ cơ sở thu mua), để Cục thuế các địa phương triển khai đồng bộ và phù hợp. Ngành thuế cần tăng cường thanh, kiểm tra việc hoàn thuế VAT cho các doanh nghiệp xuất khẩu trong khoảng 3 năm.