Thông tư liên tịch 27 quy định khoán chi thực hiện nhiệm vụ KHCN sử dụng ngân sách nhà nước được ban hành trong tiến trình đổi mới mạnh mẽ cơ chế quản lý, phương thức đầu tư và cơ chế tài chính đối với hoạt động KHCN. Thông tư liên tịch 27 được ban hành nhằm trao quyền chủ động cho chủ nhiệm nhiệm vụ và tổ chức chủ trì trong việc sử dụng kinh phí thực hiện nhiệm vụ; đơn giản, thuận lợi hơn cho các chủ nhiệm nhiệm vụ và tổ chức chủ trì trong việc thực hiện các thủ tục thanh quyết toán kinh phí thực hiện nhiệm vụ.

Điểm mới lớn nhất của Thông tư 27 nằm ở quy định phương thức khoán chi đến sản phẩm cuối cùng, áp dụng đối với các nhiệm vụ được xác định rõ tên sản phẩm cụ thể; chỉ tiêu chất lượng chủ yếu của sản phẩm, đơn vị đo, mức chất lượng hoặc yêu cầu khoa học cần đạt được; số lượng quy mô sản phẩm tạo ra; địa chỉ ứng dụng; có tổng dự toán các khoản chi sửa chữa, mua sắm tài sản, đoàn ra không quá 1 tỷ đồng. Theo Bộ trưởng Bộ Tài chính Đinh Tiến Dũng, đây là cơ chế mới, tập trung quản chặt đầu ra và tính hiệu quả của các đề tài, dự án. Qua đó, đề cao hơn trách nhiệm, tăng cường tính tự chủ của các tổ chức, cá nhân các nhà khoa học đi cùng với đơn giản hóa thủ tục hành chính.
Bên cạnh phương thức khoán chi với sản phẩm cuối cùng, Thông tư 27 cũng quy định phương thức khoán chi từng phần, áp dụng đối với các nhiệm vụ không đủ điều kiện khoán chi đến sản phẩm cuối cùng. Trong khoán chi từng phần, cơ bản các nội dung kinh phí được thực hiện khoán chi (tiền công, hội thảo, công tác trong nước, …); chỉ không khoán chi đối với các nội dung mua nguyên nhiên, vật liệu, phụ tùng chưa được ban hành định mức kinh tế kỹ thuật; sửa chữa, mua sắm tài sản cố định, đoàn ra.
Về sử dụng kinh phí khoán, theo quy định của Thông tư mới này, trong quá trình triển khai thực hiện nhiệm vụ, chủ nhiệm nhiệm vụ và tổ chức chủ trì được chủ động thực hiện các khoản chi theo thực tế phát sinh để đáp ứng yêu cầu khoa học của nhiệm vụ, không phụ thuộc vào định mức chi và dự toán của từng nội dung chi được duyệt trong tổng số các nội dung chi được giao khoán. Kinh phí giao khoán tiết kiệm do không chi hết được để lại cho tổ chức chủ trì quyết định phương án sử dụng.
Cũng theo quy định của thông tư này, tạm ứng kinh phí được thực hiện theo tiến độ hợp đồng nghiên cứu và phát triển KHCN; thanh toán tạm ứng được căn cứ vào bảng kê khối lượng công việc đã thực hiện; kho bạc nhà nước không kiểm soát chứng từ chi tiết. Về quyết toán kinh phí thực hiện nhiệm vụ, nhiệm vụ được quyết toán một lần sau khi hoàn thành và các bên đã tiến hành thanh lý hợp đồng; đối với nhiệm vụ thực hiện trong nhiều năm, hàng năm chỉ cần gửi báo cáo cơ quan quản lý cấp trên về số kinh phí thực nhận, thực chi.
Thông tư liên tịch 27 có hiệu lực từ ngày 15.2.2016 và sẽ thay thế các nội dung đã quy định tại Thông tư liên tịch số 93/2006/TTLT/BTC-BKHCN ngày 04.10.2006 của liên Bộ Tài chính và KHCN hướng dẫn chế độ khoán kinh phí của đề tài, dự án KHCN.