Vấn đề tài chính công đoàn được quy định cụ thể từ Điều 24 đến Điều 29 Luật Công đoàn 2012. Luật Công đoàn 2012 đã nêu rõ 12 nội dung chi của tổ chức công đoàn, là kim chỉ nam trong bảo đảm hoạt động của tổ chức công đoàn, thực hiện sử dụng nguồn thu thiết thực hiệu quả. Sau khi có Luật Công đoàn 2012, Công đoàn Việt Nam đã điều chỉnh giảm tỷ trọng chi tài chính công đoàn tại các cấp trên để tập trung nguồn tài chính cho cấp công đoàn cơ sở sử dụng nhằm mục tiêu chi chăm lo, bảo vệ quyền, lợi ích cho đoàn viên, người lao động. Tại các doanh nghiệp chưa thành lập công đoàn cơ sở, người lao động vẫn luôn được sự quan tâm, chăm lo, bảo vệ quyền lợi từ các cấp công đoàn và được quy định cụ thể tại Điều 17, Quyết định số 1911/QĐ-TLĐ ngày 19.12.2016 của Đoàn Chủ tịch Tổng Liên đoàn. Bên cạnh đó, công đoàn cấp trên cũng thực hiện chăm lo cho người lao động khu vực phi chính thức tham gia các nghiệp đoàn, như Nghiệp đoàn nghề cá, Nghiệp đoàn xe ôm, Nghiệp đoàn cắt tóc...
Thực tiễn tổ chức và hoạt động Công đoàn Việt Nam trong nhiều thập kỷ qua cho thấy nguồn thu kinh phí công đoàn cùng với các nguồn thu khác là cơ sở quan trọng để tổ chức Công đoàn Việt Nam xây dựng được nguồn lực đủ mạnh để thực hiện chức năng, nhiệm vụ được Đảng giao phó, góp phần nâng cao trách nhiệm của người sử dụng lao động, giảm gánh nặng cho Nhà nước trong bối cảnh nguồn lực của Nhà nước còn hạn chế, chăm lo tốt hơn cho người lao động, tạo sự gắn kết lâu dài giữa người lao động với tổ chức công đoàn và doanh nghiệp. Trong bối cảnh cần tiếp tục “tạo điều kiện về nguồn lực đủ mạnh để bảo đảm hiệu quả các hoạt động đại diện, chăm lo, bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp, chính đáng của người lao động, thu hút người lao động và tổ chức của người lao động tại doanh nghiệp tham gia Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam” theo tinh thần Nghị quyết số 06-NQ/TW của Ban Chấp hành Trung ương, việc tiếp tục bảo đảm nguồn thu kinh phí công đoàn 2% hết sức cần thiết.
Qua 10 năm thực hiện Luật Công đoàn 2012, việc nắm bắt, hiểu đúng cách thức thu, tỷ lệ phân chia tài chính công đoàn giữa các cấp công đoàn chưa tạo được sự lan tỏa rộng khắp. Điều này khiến một số ý kiến cho rằng kinh phí công đoàn 2% chỉ nhằm phục vụ cho công đoàn cấp trên cơ sở trở lên, để trả lương, “nuôi” bộ máy tổ chức công đoàn, hay hoài nghi về mục đích sử dụng nguồn kinh phí này. Để tiếp tục tăng cường hơn công khai, minh bạch trong sử dụng kinh phí công đoàn, đoàn phí, cần bổ sung quy định về trích kinh phí cho các cấp công đoàn theo tỷ lệ phù hợp, theo hướng công đoàn cấp trên phục vụ công đoàn cấp dưới, công đoàn cơ sở phục vụ đoàn viên công đoàn, người lao động. Cần xem xét quy định các hình thức để công đoàn các cấp thực hiện công khai tài chính công đoàn hàng năm. Đồng thời, nghiên cứu quy định về kiểm soát, báo cáo thu - chi tài chính công đoàn với các cơ quan của Nhà nước có thẩm quyền.
Bên cạnh đó, tài chính công đoàn được hình thành từ các nguồn khác nhau gồm: Đoàn phí công đoàn do đoàn viên công đoàn đóng; kinh phí công đoàn do cơ quan, tổ chức, doanh nghiệp đóng; ngân sách nhà nước cấp hỗ trợ; nguồn thu khác từ hoạt động văn hóa, thể thao, hoạt động kinh tế của Công đoàn; từ đề án, dự án do Nhà nước giao; từ viện trợ, tài trợ của tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước. Tuy nhiên, Luật Công đoàn 2012 chưa phân định rõ cơ chế quản lý các nguồn thu này trong cơ cấu thu tài chính công đoàn. Do đó, cần rà soát, nghiên cứu để quy định rõ cơ chế chi đối với từng nguồn thu.
Đơn cử, kinh phí công đoàn là khoản thu có tính chất như ngân sách nhà nước, nên các nội dung chi phải được quy định trong Luật và thực hiện theo quy định của Nhà nước về ngân sách; còn đoàn phí công đoàn là khoản do đoàn viên đóng góp và các khoản thu khác thì các nội dung chi được thực hiện theo quy định của Điều lệ Công đoàn Việt Nam để bảo đảm tính tự chủ cho tổ chức công đoàn.
