Trong quá trình biên soạn cuốn sách, Ts Khổng Đức Thiêm đã sử dụng tư liệu từ 250 đầu sách của 110 tác giả, trong đó có khoảng 1/3 tài liệu bằng tiếng Pháp được cố thi sỹ Hoàng Cầm, nhà giáo Phạm Toàn và dịch giả Nguyễn Khắc Đạm dịch sang tiếng Việt. Đây là những ghi chép mà tính thời sự của nó vẫn còn nguyên vẹn, từ những văn bản, lời kêu gọi động viên nghĩa binh cho đến những câu chuyện về người thủ lĩnh Hoàng Hoa Thám đều được ghi chép khá rõ ràng và chân thực.
Cuốn sách đã khái lược cuộc đời của Hoàng Hoa Thám qua những dấu mốc hoạt động: Quê hương, gia tộc và sự ra đời của Hoàng Hoa Thám qua các sử liệu mới tìm thấy; Hoàng Hoa Thám trên bước trưởng thành (1836 - 1875); Đánh dẹp Thanh phỉ, xây dựng làng chiến đấu, diệt Pháp xâm lược (1876 - 1885); Hoàng Hoa Thám đối diện với những biến động của thời cuộc (1898 - 1907); Những năm tháng mất mát nặng nề nhưng đầy oanh liệt (1890 - 1892); Tham gia khởi nghĩa Hà Thành (1908); Yên Thế quật khởi (1909); Những trang cuối về người anh hùng (1910 - 1913)... Đặc biệt, trong chương kết thúc của công trình, tác giả Khổng Đức Thiêm đã đưa ra những phát hiện và phân tích mới xoay quanh thủ lĩnh Hoàng Hoa Thám và cuộc khởi nghĩa Yên Thế. Theo đó, trong khi nhiều tài liệu lịch sử ghi rằng Đề Thám sinh năm 1856 hoặc 1858, thì với nhiều nguồn tư liệu mới thu thập được, tác giả khẳng định năm sinh của Đề Thám là 1836, nguyên quán làng Dị Chế, huyện Tiên Lữ, Hưng Yên. Theo Đại Nam thực lục của Quốc sử quán triều Nguyễn và Gia phả họ Bùi ở Thái Bình, Trương Thận (tức cha của Đề Thám) chỉ là biệt danh của một thủ lĩnh nông dân nổi lên chống lại nhà Nguyễn, tên thật là Đoàn Danh Lại, người làng Dị Chế, huyện Tiên Lữ, Hưng Yên, bị anh em Bùi Duy Kỳ bắt giết đem nộp triều đình vào tháng 9 năm Bính Thân, Minh Mệnh thứ 17 (tháng 10.1836). Cũng theo bài viết, Đoàn Danh Lại có hai con trai: con lớn tên là Đoàn Văn Lễ (sau cải là Trương Văn Leo, không rõ năm sinh), con thứ là Đoàn Văn Nghĩa (tức Trương Văn Nghĩa - Đề Thám sau này, sinh được mấy tháng thì song thân bị giết hại).
Tác giả cũng đưa ra những lập luận khoa học về vai trò của Lê Hoan và Bá Phức - hai người từng bị coi là bán nước nhưng thực chất lại giàu lòng yêu nước và đã nhiều lần tìm cách giúp đỡ, ủng hộ khởi nghĩa Yên Thế và Đề Thám. Năm 1909, Lê Hoan bị Pháp kết án về tội thương lượng, lấy lòng Đề Thám. Lý giải về nơi yên nghỉ của Hoàng Hoa Thám, Ts Khổng Đức Thiêm cho rằng, sau khi Đề Thám bị xử tử mồng 5 tháng Giêng năm Quý Sửu (tức 10.2.1913), người địa phương đã tráo thủ cấp để đưa toàn vẹn thi thể của ông đi chôn cất và hiện vẫn chưa tìm thấy nơi an nghỉ của ông. Sau khi xử tử, quân Pháp đã cho thợ chụp ảnh với ý định công bố rộng rãi bằng chứng đã giết và lấy được thủ cấp của Đề Thám nhưng ngay sau đó họ đã tịch thu và tiêu hủy toàn bộ gương ảnh vì biết đã bị đánh tráo. Điều này lý giải tại sao trong số hàng ngàn bức ảnh về Hoàng Hoa Thám và khởi nghĩa Yên Thế, không có bức ảnh nào về việc thực dân Pháp bêu đầu ông ở Nhã Nam và Cao Thượng (Bắc Giang).
Nhà sử học Dương Trung Quốc cho rằng: Hoàng Hoa Thám (1836 - 1913) là cuốn sách đầy đủ, chi tiết, toàn diện về thân thế, sự nghiệp của cụ Hoàng Hoa Thám. Những phân tích của tác giả hợp lý và khoa học. Tuy nhiên, cuốn sách này không phải để khép lại mà mở ra những hướng tiếp cận khác trong nghiên cứu đề tài lịch sử này. Những người làm công tác nghiên cứu lịch sử sẽ tiếp tục nghiên cứu để làm sáng tỏ, khẳng định rõ hơn những phát hiện mới từ cuốn Hoàng Hoa Thám (1836 - 1913) nhằm giúp mọi người, đặc biệt là thế hệ trẻ nhận thức chân thực, đúng đắn về cuộc đời, thân thế và sự nghiệp của anh hùng dân tộc Hoàng Hoa Thám; từ đó ý thức sâu sắc hơn về tinh thần yêu nước của người Việt Nam trong từng thời kỳ lịch sử và phát huy tinh thần yêu nước đó trong bối cảnh ngày càng đa dạng, phức tạp như hiện nay.
