Năm 2000, Công ty TNHH Phát Triển và Công ty CP Kính mắt Hà Nội góp vốn 7,5 tỷ đồng để thành lập Bệnh viện bán công chuyên khoa mắt, địa chỉ đặt tại số 51 Trần Nhân Tông và đã được UBND TP Hà Nội cho phép tại Quyết định số 85/2000/QĐ-UB, Sở Y tế cũng đã ký, đóng dấu phê duyệt.
Theo thoả thuận hợp tác kinh doanh giữa hai bên, những năm đầu lợi nhuận sau khi trừ đi các chi phí sẽ chia đôi 50-50%. Tuy nhiên, từ năm 2007 đến 2014 thì hai bên lại ký nhiều phụ lục hợp đồng, thống nhất rằng Công ty Phát Triển được toàn quyền quản lý, vận hành Bệnh viện, hàng tháng phải trả cho Công ty CP Kính mắt Hà Nội số tiền 70 triệu đồng, rồi sẽ tăng lên theo thời gian.
Đến 2014, Công ty CP Kính mắt Hà Nội xin rút vốn mà trước đó năm 2000 chủ yếu góp bằng tài sản là nhà đất số 51 Trần Nhân Tông, nay đề nghị được rút với số tiền là 4 tỷ đồng. Lý do là để Công ty Phát Triển tiếp tục quản lý, vận hành bệnh viện mắt, nhưng chuyển sang chính thức ký Hợp đồng thuê nhà số 01/TN2014 tại địa chỉ 51 Trần Nhân Tông với giá 315 triệu đồng/tháng.
Ngày 9.3.2015, Công ty Phát Triển đã chuyển khoản đủ 4 tỷ đồng cho Công ty CP Kính mắt Hà Nội. Cũng từ đây, sau khi rút vốn, hai bên xảy ra những khúc mắc, bất đồng liên quan đến việc thanh toán tiền thuê nhà, dẫn đến nhiều cơ quan phải vào cuộc, đến nay vẫn chưa kết thúc dứt điểm.
Theo hồ sơ, trong quá trình xử lý tranh chấp, đơn thư đề nghị, Chủ tịch UBND TP. Hà Nội trước đây đã chỉ đạo giải quyết sát sao vụ việc, đã giao cho các cơ quan liên quan tiến hành làm rõ.
Theo đó, ngày 17.11.2016, Sở Tài Nguyên và Môi trường Hà Nội đã có Báo cáo số 2515/BC-STNMT-TTr về kết quả kiểm tra việc sử dụng nhà, đất tại 51 Trần Nhân Tông với các nội dung chính: Đất đã được ký hợp đồng cho Công ty CP Kính mắt thuê đất theo hình thức trả tiền hàng năm, mục đích làm bệnh viện, được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất thời hạn 30 năm (1999-2029). Tuy nhiên, trong quá trình quản lý và sử dụng đất, Công ty CP Kính mắt chưa đăng ký tài sản gắn liền trên đất; khi rút vốn chấm dứt hợp tác lại chưa có Nghị quyết của Hội đồng quản trị Bệnh viện và chưa báo cáo để được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền chấp thuận là không thực hiện đúng Điều lệ thành lập đã được Sở Y tế phê duyệt ngày 7.12.2020.
Từ năm 2007, việc Công ty CP kính mắt ký các hợp đồng hợp tác, không đưa giá trị nhà, đất vào góp vốn cho Bệnh viện, hàng tháng lại nhận khoản tiền lợi nhuận cố định.
Tiếp đó, ngày 23.8.2017, Sở Xây dựng có Công văn số 7748/SXD-QLN, ngoài những nội dung về nguồn gốc đất nhà như Sở Tài nguyên đã nêu ở trên; Sở Xây dựng còn khẳng định quá trình góp vốn và Bệnh viện hoạt động đã không có sự kiểm soát của cơ quan quản lý Nhà nước là Sở Y tế, Sở Tài chính Việc Công ty CP Kính mắt Hà Nội ký các hợp đồng nhận tiền, thực chất là hình thức cho thuê đất, nhà đã được giao cho để làm bệnh viện.
Ngày 19.9.2017, UBND TP.Hà Nội có văn bản số 8832/VP-ĐT về việc giao Thanh tra Thành phố tiến hành thanh tra toàn diện việc quản lý, sử dụng cơ sở nhà đất tại 51 Trần Nhân Tông.
Không đòi được tiền cho thuê đất, nhà số 51 Trần Nhân Tông, phía Công ty CP Kính mắt Hà Nội đã nhờ đến Toà án để giải quyết. Ngày 13.7.2020, Toà án nhân dân quận Tây Hồ, Hà Nội đã đưa vụ án tranh chấp thương mại ra xét xử, sau có Bản án số 04/2020/KDTM với phán quyết chính như sau: Hợp đồng thuê nhà ký ngày 26.3.2014 là hợp pháp, đúng pháp luật; Công ty Phát triển phải bàn giao lại đất, nhà và thanh toán tiền thuê + lãi từ, tiền sử dụng nhà cho Công ty CP Kính mắt từ năm 2014 đến thời điểm tuyên án là 18,4 tỷ đồng; chịu án phí 126,4 triệu đồng.
Không đồng tình với bản án của TAND quận Tây Hồ, Công ty Phát Triển tiếp tục kháng cáo. Ngày 29.6.2022, TAND TP. Hà Nội xét xử vụ việc tranh chấp hợp đồng thuê nhà, sau phát hành Bản án số 106/2022/KDTM-PT, về nội dung cơ bản đống tình với các phán quyết trước đó, giống nội dung bản án sơ thẩm. Cụ thể, Công ty Phát Triển phải thanh toán cho Công ty CP Kính mắt Hà Nội tổng số tiền gồm thuê nhà, lãi, tiền bồi thường vi phạm…, là 18,8 tỷ đồng.
Về phía Công ty Phát Triển, đơn vị từ năm 2014 được toàn quyền điều hành Bệnh viện lại cho rằng: Khi thành lập Bệnh viện năm 2000, Công ty CP Kính mắt chưa được thuê đất tại số 51 Trần Nhân Tông mà chỉ được giao quyền tạm quản lý nhà đất tại đây. Đến năm 2003, chỉ sau khi Bệnh viện được thành lập và đi vào hoạt động thì UBND TP Hà Nội mới quyết định cho Công ty CP Kính mắt thuê 115,5 m2 đất tại 51 Trần Nhân Tông, Mục đích để làm Bệnh viện Bán công.
"Trong khi đó, Bệnh viện Bán công được thành lập trên cơ sở hợp tác giữa Công ty Phát Triển và Công ty PC Kính mắt. Như vậy, việc Công ty CP Kính mắt đứng ra ký hợp đồng thuê đất, đây chỉ là đại diện cho Bệnh viện Bán công chuyên khoa mắt Hà Nội, chứ không phải là với tư cách của Công ty Cổ phần Kính mắt ký hợp đồng thuê đất cho mình nữa.
Hơn thế, theo Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất số BA495917 do Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội cấp cho Công ty CP Kính mắt Hà Nội đã ghi rõ mục đích sử dụng thửa đất tại 51 Trần Nhân Tông là “để làm Bệnh viện bán công chuyên khoa mắt Hà Nội (Đất cơ sở y tế)”. Việc Công ty CP Kính mắt Hà Nội cho thuê đất lại để làm chính Bệnh viện đã được UBND TP Hà Nội và các Sở ghi rõ làm Bệnh viện bán công chuyên khoa mắt là sai quy định Luật Đất đai 2013.
Tuy nhiên, Toà án đã bỏ qua những căn cứ này, không vận dụng quy định của Điều 174 và Điều 175 Luật Đất đai 2013 trong quá trình xem xét, giải quyết vụ án, dẫn đến đưa ra những nhận định và quyết định không đúng với quy định của pháp luật và bản chất vụ việc. Hơn thế nữa, Việc Công ty CP Kính mắt Hà Nội ký kết hợp đồng thuê nhà với Công ty Phát triển là trái với quy định của Điều 9, Luật Kinh doanh bất động sản vì chưa có quyền sở hữu nhà, công trình xây dựng khác gắn liền với đất tại địa chỉ 51 Trần Nhân Tông nên theo luật sẽ không thuộc diện được phép cho thuê", đại diện Công ty Phát Triển bày tỏ quan điểm.
Với các lập luận trên, Công ty Phát Triển cho rằng Hợp đồng thuê nhà số 01/TN2014 ngày 26.3.2014 với Công ty CP Kính mắt Hà Nội là không có giá trị pháp lý, chính vì lẽ đó nên doanh nghiệp không tiếp tục trả tiền thuê nhà. Bên cạnh đó, Công ty Phát Triển còn cho rằng Toà đã vi phạm nghiêm trọng thủ tục tố tụng khi tiến hành xét xử phúc thẩm mà không có mặt đại diện của Bệnh viện kỹ thuật cao về mắt đã có giấy ốm và xin vắng lần đầu. Bệnh viện mắt là người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan đến việc kháng cáo vắng mặt, nhưng Toà đã không hoãn phiên tòa theo quy định tại Điều 296 Bộ luật tố tụng hình sự 2015. Đây chính là các căn cứ mà Công ty TNHH Phát Triển đang tiếp tục kháng nghị theo thủ tục Giám đốc thẩm.
