Theo đó, Công ty Cổ phần kinh doanh than Miền Bắc - Vinacomin Công ty con của Tập đoàn Công nghiệp than khoáng sản Việt Nam (Tập đoàn TKV), là một mắt xích nằm trong dây chuyền sản xuất, chế biến và tiêu thụ than của Tập đoàn TKV. Công ty CPKD than Miền Bắc-Vinacomin có 11 chi nhánh hạch toán phụ thuộc và 4 phân xưởng/trạm trực thuộc
Qua thanh tra, cơ quan quản lý thuế xác định, công ty đã chấp hành đầy đủ các quy định về việc kê khai, nộp thuế. Tuy nhiên còn tồn tại các nội dung sau:
Về Thuế GTGT:
Công ty đã kê khai thuế GTGT đầu vào không đủ điều kiện khấu trừ, hóa đơn của DN bỏ địa chỉ kinh doanh theo quy định tại Thông tư 219/2013/TT-BTC ngày 31.12.2013 của Bộ Tài chính; Điều 50 Luật quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13.6.2019, Điểm e Khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế số 76/2006/QH11
Về Thuế TNDN:
Công ty đã hạch toán chi phí đối với một số khoản chi không được trừ vi phạm quy định tại Điều 5, Chương II, Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18.6.2014 và Điều 4, Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22.6.2015 của Bộ Tài chính.
Về Thuế TNCN:
Công ty xác định điều kiện giảm trừ cho người phụ thuộc vi phạm quy định tại Thông tư 111/2013/TT-BTC ngày 15.8.2013 của Bộ Tài chính.
Về kê khai thuế:
Công ty Cổ phần kinh doanh than Miền Bắc - Vinacomin không kê khai phụ lục giao dịch liên kết năm 2023 Mẫu số 01 tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP. Đoàn thanh tra tạm ghi nhận theo số liệu hạch toán của đơn vị.
Trường hợp sau khi kết thúc kiểm tra, cơ quan Nhà nước có thẩm quyền phát hiện doanh thu và chi phí của giao dịch liên kết không phù hợp với giá thị trường và có đủ thông tin để xác định lại giá thị trường, Công ty phải điều chỉnh tăng số thuế TNDN phải nộp NSNN từ việc điều chỉnh về giá và về thuế TNDN theo đúng quy định.
Từ các tồn tại nêu trên, cơ quan quản lý thuế Yêu cầu Công ty Cổ phần kinh doanh than Miền Bắc - Vinacomin nộp ngay số tiền: 3,081,371,491 đồng bao gồm số thuế truy thu, tiền phạt, tiền chậm nộp khi có quyết định xử lý vi phạm hành chính của cục Thuế.
Bên cạnh đó, cơ quan quản lý thuế buộc Công ty phải khai lại tờ khai, hồ sơ thuế theo quy định. Đồng thời, yêu cầu chấn chỉnh, khắc phục ngay những vấn đề còn tồn tại, sai sót trong hạch toán kế toán, kê khai thuế, nộp thuế, quyết toán thuế theo đúng qui định của pháp luật thuế, pháp luật kế toán và các văn bản hướng dẫn thi hành.
