Theo Quyết định, Ban Chỉ đạo gồm 15 thành viên; trong đó, Ủy viên Bộ Chính trị, Bí thư Thành ủy Nguyễn Văn Nên làm Trưởng ban.
Ban Điều hành gồm 21 thành viên do Phó Chủ tịch UBND thành phố Võ Văn Hoan làm Trưởng ban.
Tổ giúp việc Ban Chỉ đạo, Ban Điều hành, gồm 27 thành viên do Giám đốc Sở Nội vụ Võ Ngọc Quốc Thuận làm Tổ trưởng.
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ phối hợp liên ngành giúp Ban Thường vụ Thành uỷ TP. Hồ Chí Minh nghiên cứu, giải quyết các vấn đề quan trọng liên quan trong việc sắp xếp đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã; đồng thời, chỉ đạo việc xây dựng phương án tổng thể, đề án chi tiết sắp xếp đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã; tổ chức lấy ý kiến cử tri, họp HĐND các cấp thông qua đề án, hoàn chỉnh hồ sơ, thủ tục trình cấp có thẩm quyền phê duyệt; chỉ đạo việc kiện toàn, sắp xếp tổ chức bộ máy trong hệ thống chính trị; bố trí đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức, người lao động; công tác bàn giao, tiếp nhận, chuyển đổi giấy tờ…
Ban Điều hành có nhiệm vụ giúp Ban Chỉ đạo cụ thể hóa triển khai nhiệm vụ xây dựng phương án tổng thể, đề án chi tiết sắp xếp đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã; tổ chức lấy ý kiến cử tri, họp HĐND các cấp thông qua đề án, hoàn chỉnh hồ sơ, thủ tục trình cấp có thẩm quyền phê duyệt; nghiên cứu, đề xuất với Ban Chỉ đạo về phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng thuộc thẩm quyền của thành phố hoặc báo cáo Trung ương xem xét.
Ngoài ra, Ban Điều hành cũng sẽ xây dựng kế hoạch, lộ trình cụ thể nhằm điều hành có hiệu quả công tác sắp xếp đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã; kiểm tra, đôn đốc và thực hiện công việc đảm bảo tiến độ; chỉ đạo lập dự toán, thanh quyết toán kinh phí thực hiện việc sắp xếp đơn vị hành chính theo quy định.
