Phòng khám bệnh đa khoa cơ sở 2 gồm 16 phòng khám lâm sàng và 12 phòng xét nghiệm cận lâm sàng, thăm dò chức năng và chẩn đoán hình ảnh: Phòng khám cấp cứu nội - ngoại; Phòng khám nội chung; Phòng khám cơ xương khớp; Phòng khám tiêu hóa; Phòng khám tim mạch; Phòng khám hô hấp; Phòng khám huyết học; Phòng khám nội tiết; Phòng khám thận tiết niệu; Phòng khám thần kinh; Phòng da liễu; Phòng khám ung bướu; Phòng khám nhi; Phòng khám sản phụ khoa; Phòng khám tai mũi họng và Phòng khám mắt.
Để đáp ứng nhu cầu khám, chữa bệnh của nhân dân tại cơ sở 2, giảm tải cho cơ sở 1, Bệnh viện đã phân công, điều động trên 120 y bác sĩ, điều dưỡng, nhân viên luân phiên về cơ sở 2 làm việc.
Theo Tiến sĩ, bác sĩ Nguyễn Thị Bích Ngọc, Trưởng khoa Khám bệnh, hiện tại cơ sở 2 mới bảo đảm được chức năng khám ngoại trú và cấp cứu ban đầu. Những trường hợp cần điều trị nội trú hoặc những kỹ thuật chuyên sâu sẽ có xe vận chuyển miễn phí bệnh nhân về cơ sở 1 tại Hà Nội. Phòng khám bệnh đa khoa cơ sở 2 dự kiến sẽ tiếp nhận và khám cho 1.000 - 1.500 bệnh nhân/ngày.