Theo kế hoạch ban đầu, từ ngày 21.8 đến 17h ngày 28.8, thí sinh thực hiện bước xác nhận số lượng và thứ tự nguyện vọng; nộp lệ phí xét tuyển theo hình thức trực tuyến. Tuy nhiên, sáng ngày 21.8, Bộ Giáo dục và Đào tạo thông báo lùi lịch thí sinh thực hiện thanh toán trên hệ thống tuyển sinh 3 ngày so với kế hoạch ban đầu do sự cố kết nối với nền tảng thanh toán trực tuyến. Lịch mở chức năng thanh toán theo các tỉnh, thành được điều chỉnh như sau:
Từ ngày 24.8 đến 17h ngày 29.8, Hệ thống mở cổng thanh toán cho thí sinh các địa phương: Hà Nội, Hà Giang, Cao Bằng, Bắc Kạn, Tuyên Quang, Lào Cai, Điện Biên, Lai Châu, Sơn La, Yên Bái, Hòa Bình, Thái Nguyên, Lạng Sơn, Quảng Ninh, Bắc Giang, Phú Thọ, Vĩnh Phúc, Bắc Ninh, Hải Dương, Thành phố Hải Phòng.
Từ ngày 25.8 đến 17h ngày 30.8, mở cổng thanh toán cho các thí sinh đến từ: Hưng Yên, Thái Bình, Hà Nam, Nam Định, Ninh Bình, Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế, Thành phố Đà Nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên, Khánh Hòa, Ninh Thuận, Bình Thuận, Kon Tum.
Từ ngày 26.8 đến 17h ngày 31.8 dành cho các thí sinh thuộc các tỉnh/thành phố còn lại.
Đây là lần đầu tiên ngành giáo dục tổ chức thanh toán lệ phí xét tuyển bằng hình thức trực tuyến. Để đảm bảo quyền lợi của thí sinh, đảm bảo không có thí sinh nào không thực hiện được giao dịch thanh toán trực tuyến, Bộ Giáo dục và Đào tạo đề nghị các Sở quan tâm chỉ đạo các cơ sở giáo dục và có các biện pháp phù hợp để phổ biến kịp thời nội dung văn bản này tới từng thí sinh trên địa bàn và đảm bảo việc thanh toán trực tuyến của các em được thông suốt, an toàn.
Đồng thời, đề nghị các Sở chỉ đạo các trường trung học phổ thông chuẩn bị sẵn sàng và chủ động triển khai công tác hỗ trợ thí sinh trong các việc phổ biến, hướng dẫn thí sinh về cách thức nộp lệ phí xét tuyển trên hệ thống; Nhắc nhở thí sinh chuẩn bị sẵn sàng các điều kiện để tham gia thanh toán trực tuyến theo tài liệu Hướng dẫn thanh toán trực tuyến lệ phí xét tuyến.
Bên cạnh đó, chuẩn bị phương án sẵn sàng hỗ trợ thanh toán giúp thí sinh (trên giao diện phần mềm thanh toán của thí sinh) trong trường hợp thí sinh không thể tự thực hiện, đặc biệt là các thí sinh có hoàn cảnh khó khăn, thí sinh ở vùng khó khăn, vùng sâu, vùng xa.
Theo thống kê của Bộ Giáo dục và Đào tạo, tính đến 17h ngày 20.8 - hạn cuối đăng ký, điều chỉnh nguyện vọng trên hệ thống của Bộ, chỉ hơn 616.000 trong số gần 492.000 thí sinh đăng ký xét tuyển nhập nguyện vọng lên hệ thống. Tổng số lượng nguyện vọng là gần 3,1 triệu, trung bình mỗi em đăng ký hơn 5. Như vậy, gần 326.000 thí sinh đã từ bỏ xét tuyển đại học. Các chuyên gia cho rằng có thể hầu hết trong số này đã chuyển hướng sau khi biết điểm thi tốt nghiệp THPT và điểm sàn xét tuyển của đại học.