Theo kế hoạch triển khai chiến dịch này, TP Hà Nội xác định mục tiêu hơn 95% trẻ trên địa bàn được tiêm bổ sung một mũi vaccine phòng bệnh sởi- rubella. Đợt một, từ ngày 26.11 đến ngày 2.12, tổ chức tiêm tại các trường mầm non. Đợt hai, từ ngày 3 đến 9.12, tổ chức tiêm tại các trạm y tế cho trẻ không đi học và tiêm vét cho trẻ đi học nhưng chưa được tiêm (do tạm hoãn trong đợt một). UBND thành phố Hà Nội yêu cầu các đơn vị liên quan tổ chức tập huấn về xây dựng kế hoạch, điều tra đối tượng, bảo quản, sử dụng vắc-xin, tiêm chủng an toàn, phòng, chống sốc phản vệ, giám sát phản ứng sau tiêm chủng; bố trí đội cấp cứu lưu động tại các điểm tiêm chủng để xử trí kịp thời trường hợp tai biến sau tiêm chủng (nếu có). Ngành y tế là cơ quan thường trực phối hợp ngành giáo dục thực hiện chiến dịch.
Mặc dù ý thức được ý nghĩa của đợt tiêm chủng, nhưng việc triển khai tại các trường mầm non thay vì ở cơ sở y tế khiến nhiều bậc cha mẹ học sinh băn khoăn về vấn đề an toàn của vaccine và sức khỏe của trẻ sau khi tiêm. Một số người cho rằng, thông thường trước khi tiêm, trẻ sẽ được khám sàng lọc về sức khỏe; sau khi tiêm được theo dõi phản ứng trong vòng 30 phút. Tuy nhiên, ở các trường học, số lượng trẻ khá đông, liệu có giám sát hết được mọi biểu hiện phản ứng của trẻ hay không. Nếu cha mẹ đưa con đi tiêm ở cơ sở y tế thì mỗi cháu có một người chăm sóc; trong khi tiêm ở trường, một cô giáo phải chăm sóc mấy chục cháu... Việc xử trí như thế nào đối với các trường hợp bị phản ứng sau tiêm: sốt, quấy, nôn... cũng được nhiều người quan tâm. Các cô giáo lo ngại, khi tiếp xúc với người lạ (nhân viên y tế) con trẻ thường có cảm giác lo sợ, quấy khóc, có tâm lý sợ bơm kim tiêm... Ngoài ra, do số lượng các cháu rất đông, có thể cả cha mẹ học sinh cũng tham gia khi tiêm, cho nên sẽ rất khó khăn trong quản lý, giám sát hoạt động khi tiêm chủng.
Bác sĩ Ngô Khánh Hoàng, Thư ký Chương trình tiêm chủng mở rộng quốc gia TP Hà Nội cho biết: Đây là chiến dịch tiêm bắt buộc và hoàn toàn miễn phí vì tình hình chu kỳ bệnh sởi từ 4 đến 5 năm quay lại một lần. Việc tiêm ở trường mầm non sẽ đạt hiệu quả hơn do tập trung đông các cháu, hạn chế tình trạng bố, mẹ không đưa trẻ đi tiêm hoặc tiêm chậm khiến trẻ dễ mắc bệnh. Chúng tôi khuyến cáo các bậc cha mẹ nên cho con tiêm vaccine. Nếu gia đình nào không muốn tiêm ở trường học thì có thể đến trạm y tế để tiêm vaccine tiêm chủng mở rộng. Ngoài ra, tại các phòng tiêm chủng dịch vụ trên địa bàn TP Hà Nội có vaccine phối hợp sởi - quai bị - rubella. Việc quản lý tiêm vaccine sẽ được tiến hành chặt chẽ, trước khi tiêm, cán bộ y tế tiến hành rà soát; sau khi tiêm, sẽ có phiếu xác nhận. Các cán bộ trạm y tế đóng trên địa bàn phường, xã sẽ thực hiện tiêm chủng để bảo đảm đúng quy trình.
Giám đốc Trung tâm Kiểm soát bệnh tật TP Hà Nội Nguyễn Nhật Cảm cho biết, trong chiến dịch tiêm chủng lần này, toàn thành phố có hơn 600 nghìn trẻ từ một đến năm tuổi được tiêm vaccine sởi - rubella. Đây là loại vaccine do Việt Nam sản xuất, được đưa vào chương trình tiêm chủng mở rộng trên quy mô toàn quốc từ tháng 4.2018. Công tác tiếp nhận, bảo quản, cấp phát vaccine và vật tư tiêm chủng được thực hiện nghiêm ngặt theo đúng quy định, cho nên cha mẹ học sinh có thể hoàn toàn yên tâm về quy trình tiêm cũng như chất lượng vaccine.
Tuy nhiên, ông Nguyễn Nhật Cảm cũng thừa nhận, khó khăn lớn nhất trong công tác tiêm chủng mở rộng là tuyên truyền để người dân hiểu và hưởng ứng khi triển khai tiêm ở trường học cho trẻ. Các chuyên gia y tế khuyến cáo, việc Hà Nội triển khai tiêm chủng tại các trường học đòi hỏi những đơn vị tổ chức thực hiện cần nghiêm túc, đúng quy trình; vaccine phải được bảo quản trong dây chuyền lạnh mới tránh xảy ra những sự cố đáng tiếc. Ngoài ra, việc tiêm chủng cùng một lúc cho số lượng lớn trẻ dễ gây nên tình trạng lộn xộn, đòi hỏi người tiêm phải cẩn trọng, thực hiện đúng quy trình như: đo nhiệt độ, giám sát các bé 30 phút sau khi .