Theo đó, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã khởi tố vụ án: Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ, xảy ra tại Bộ GD-ĐT. Đây là vụ án có tính chất nghiêm trọng, phức tạp, có liên quan đến kỳ thi tốt nghiệp THPT quốc gia, được xã hội đặc biệt quan tâm.
Kết quả điều tra xác định, ngoài hành vi sai phạm của bị can Bùi Văn Sâm (nguyên giảng viên Trường Đại học Sư phạm Hà Nội) và bị can Phạm Thị My (nguyên giảng viên Trường Đại học Sư phạm Hà Nội) trong quá trình xây dựng ngân hàng câu hỏi và ra đề thi kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2021, Cơ quan điều tra còn phát hiện một số tồn tại, bất cập, sơ hở, thiếu sót trong quá trình chỉ đạo, tổ chức xây dựng ngân hàng câu hỏi và ra đề thi kỳ thi tốt nghiệp THPT.
Cụ thể, quá trình điều tra xác định, trong thời gian tham gia công tác xây dựng ngân hàng câu hỏi thi chuẩn hóa năm 2021, tại đợt 1 và đợt 2, bị can Phạm Thị My đã mang các thông tin, tài liệu liên quan đến ngân hàng câu hỏi ra khỏi khu vực quy định. Hành vi này đã vi phạm quy định của quy trình xây dựng ngân hàng câu hỏi và các quy định bảo mật tài liệu của Bộ GD-ĐT.
Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đánh giá, để xảy ra hành vi sai phạm trên, ngoài yếu tố chủ quan từ việc bị can Phạm Thị My đã không chấp hành quy định, cam kết về công tác bảo mật, cũng có trách nhiệm của cán bộ thực hiện công tác kiểm tra, giám sát được phân công trong các đợt công tác và trách nhiệm chỉ đạo của Ban chỉ đạo xây dựng ngân hàng câu hỏi.
Đồng thời, nguyên nhân cũng do Bộ GD-ĐT chưa có văn bản hướng dẫn, phân công công việc, trách nhiệm cụ thể đối với từng cá nhân tham gia công tác giám sát, chưa có biện pháp chủ động trong công tác phòng ngừa các vi phạm của thầy cô giáo khi tham gia xây dựng ngân hàng câu hỏi và ra đề thi.
Cũng theo Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an, trong quá trình tham gia xây dựng ngân hàng câu hỏi phục vụ ra đề thi năm 2019, ông Đỗ Thế Chuẩn (cán bộ Trung tâm khảo thí quốc gia)đã thực hiện việc chỉnh sửa phần mềm quản lý ngân hàng câu hỏi để đạt được yêu cầu rút tổ hợp câu hỏi thi có câu theo chỉ đạo của ông Sái Công Hồng (khi đó là Trưởng Ban chỉ đạo công tác xây dựng ngân hàng câu hỏi).
Việc chỉnh sửa đã làm thay đổi cơ chế rút đề của phần mềm từ ngẫu nhiên thành rút theo thứ tự sắp xếp ưu tiên. Ông Chuẩn đã báo cáo ông Hồng về việc này qua email nhưng ông Hồng không có ý kiến chỉ đạo, nên sau đó phần mềm đã bị chỉnh sửa vẫn được sử dụng trong quá trình ra đề thi tại Hội đồng ra đề từ năm 2019 đến năm 2021, không theo cơ chế ngẫu nhiên, vi phạm quy chế thi năm 2019 - 2021.
Việc chỉnh sửa phần mềm làm mất tính năng rút ngẫu nhiên của phần mềm, sau đó được sử dụng để hỗ trợ công tác ra đề thi trong khu vực cách ly là không đảm bảo quy định của quy chế thi và tạo ra sơ hở để các bị can Bùi Văn Sâm, Phạm Thị My lợi dụng thực hiện hành vi phạm tội.
Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an cho biết thêm, việc phân công nhiệm vụ cho các chuyên gia, giáo viên tham gia xây dựng ngân hàng câu hỏi thi và ra đề thi còn chưa hợp lý. Cụ thể, Bộ GD-ĐT phân công các thầy cô giáo vừa làm công tác xây dựng ngân hàng câu hỏi, vừa tham gia công tác ra đề thi là chưa khách quan, dễ dẫn đến lộ lọt thông tin, tài liệu liên quan đến các câu hỏi.
Để khắc phục những sơ hở, thiếu sót và tồn tại nêu trên, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an kiến nghị Bộ GD-ĐT một số nội dung.
Thứ nhất, xem xét, xử lý trách nhiệm đối với các cá nhân đã chỉ đạo, thực hiện chỉnh sửa phần mềm, dẫn đến phần mềm sử dụng trong Hội đồng ra đề thi từ năm 2019 đến năm 2021 không đảm bảo nguyên tắc ngẫu nhiên, vi phạm quy chế thi.
Cần kiểm tra, xem xét xử lý trách nhiệm đối với các cá nhân được giao nhiệm vụ, nhưng đã để cán bộ giáo viên vi phạm quy định bảo mật trong quá trình xây dựng ngân hàng câu hỏi năm 2021 và Hội đồng ra đề thi năm 2021 sử dụng phần mềm quản lý ngân hàng câu hỏi hoạt động không đảm bảo nguyên tắc rút đề ngẫu nhiên, vi phạm quy chế thi.
Bộ GD-ĐT cũng cần kịp thời có biện pháp ngăn chặn, khắc phục ngay những sơ hở, thiếu sót trong công tác xây dựng ngân hàng câu hỏi thi và ra đề thi THPT quốc gia, đảm bảo khách quan, chặt chẽ, đúng quy định.
Bên cạnh đó, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an kiến nghị Bộ GD-ĐT tiến hành kiểm tra, rà soát các quy định, quy trình, quy chế liên quan đến công tác xây dựng ngân hàng câu hỏi và công tác ra đề thi kỳ thi tốt nghiệp THPT quốc gia để bổ sung, khắc phục những quy định còn chưa chặt chẽ, không để các cá nhân lợi dụng thực hiện hành vi vi phạm pháp luật.
Trước đó, kết thúc kỳ thi tốt nghiệp THPT 2021, dư luận xôn xao vì nghi vấn đề thi môn Sinh học có sự trùng lặp với hướng dẫn ôn tập của thầy Phan Khắc Nghệ, Phó hiệu trưởng Trường THPT chuyên Hà Tĩnh.
Ngay sau khi kết thúc kỳ thi, thầy Đinh Đức Hiền, giáo viên dạy bộ môn Sinh học tại Hà Nội có tâm thư gửi Bộ trưởng Bộ GD-ĐT, trong đó phản ánh sự bất thường về đề thi môn Sinh học.
Theo thầy Hiền, sau khi tiến hành so sánh, đối chiếu giữa đề ôn tập của thầy Phan Khắc Nghệ, Phó Hiệu trưởng Trường THPT chuyên Hà Tĩnh và đề thi chính thức về nội dung, câu từ, hình vẽ, không chỉ cá nhân ông mà nhiều giáo viên khác đều nhận thấy có sự tương đồng ở mức độ cao.
Điều này khiến ông cũng như nhiều thầy, cô đến từ nhiều địa phương trong cả nước cảm thấy băn khoăn về sự tương đồng này là do ngẫu nhiên hay có một lý do nào khác.
Tháng 8 năm 2021, Bộ GD-ĐT phối hợp với Bộ Công an thành lập tổ công tác liên ngành xác minh thông tin phản ánh về đề thi môn Sinh học kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2021. Tháng 12 năm 2021, đánh giá của tổ liên ngành cho thấy có sự bất thường khi đề thi Sinh học giống trên 90% với đề ôn thi của thầy Phan Khắc Nghệ.
Đến tháng 6.2022, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can đối với bà Phạm Thị My và ông Bùi Văn Sâm, là 2 cựu giảng viên Trường đại học Sư phạm Hà Nội, cùng về tội "lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ".