Nghị quyết quy định, thời gian thực hiện Chương trình là 10 năm, chia làm 2 giai đoạn: Giai đoạn I là từ năm 2021 đến năm 2025; Giai đoạn II là từ năm 2026 đến năm 2030. Chương trình được thực hiện nhằm Thu hẹp dần khoảng cách về mứt sống, thu nhập của vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi so với bình quân chung của cả nước; đến năm 2025 giảm 50% số xã, thôn, bản đặc biệt khó khăn; đến năm 2030 cơ bản không còn xã, thôn, bản đặc biệt khó khăn.
Về kinh phí thực hiện, Nghị quyết nêu rõ, tối thiểu là 137.664 tỷ đồng. Trong đó, ngân sách Trung ương là 104.954 tỷ đồng, ngân sách địa phương là 10.016 tỷ đồng, vốn tín dụng chính sách là 19.727 tỷ đồng, vốn huy động hợp pháp khác: 2.967 tỷ đồng. Nguồn vốn của Chương trình được bố trí trong kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2021 – 2025. Căn cứ kết quả thực hiện của Chương trình giai đoạn 2021 - 2025, Chính phủ trình Quốc hội quyết định nguồn lực thực hiện Chương trình giai đoạn 2026 - 2030.
Nghị quyết cũng quy định rõ, Chương trình này được thực hiện dựa trên nguyên tắc đầu tư có trọng tâm, trọng điểm và bền vững, tập trung cho các xã, thôn, bản khó khăn nhất; giải quyết các vấn đề bức xúc, cấp bách nhất; ưu tiên hỗ trợ hộ nghèo, các nhóm dân tộc thiểu số khó khăn nhất. Bảo đảm công khai, dân chủ, phát huy quyền làm chủ và sự tham gia tích cực, chủ động của cộng đồng và người dân; phát huy tinh thần nỗ lực vươn lên của đồng bào dân tộc thiểu số; thực hiện phương châm: “Dân cần, dân biết, dân bàn, dân làm, dân kiểm tra, dân hưởng lợi”. Phân cấp, trao quyền cho địa phương trong xây dựng, tổ chức thực hiện Chương trình phù hợp với điều kiện, đặc điểm, tiềm năng, thế mạnh, bản sắc văn hóa, phong tục tập quán tốt đẹp của các dân tộc, các vùng miền gắn với củng cố quốc phòng, an ninh. Đồng thời, đa dạng hóa nguồn lực, trong đó ngân sách nhà nước là quan trọng và có ý nghĩa quyết định, ưu tiên phân bổ vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) trong thực hiện Chương trình; huy động, khuyến khích sự tham gia, đóng góp của doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân. Tăng cường công tác kiểm tra, giám sát, đánh giá việc thực hiện Chương trình ở các cấp, các ngành. Phòng, chống các biểu hiện tiêu cực trong quá trình thực hiện Chương trình.
Để thực hiện Chương trình này, Quốc hội giao Chính phủ tổ chức tổng kết Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới, Chương trình mục tiêu quốc gia giảm nghèo bền vững và 21 Chương trình mục tiêu đang thực hiện, trên cơ sở đó xác định nội dung, đối tượng, địa bàn cụ thể triển khai thực hiện Chương trình, tránh trùng lặp, chồng chéo giữa các Chương trình; Nghiên cứu, vận dụng các cơ chế, chính sách phù hợp với đặc điểm, điều kiện của vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi của 2 Chương trình mục tiêu quốc gia và các Chương trình mục tiêu đang thực hiện để đưa vào Chương trình này; Bảo đảm địa bàn đặc biệt khó khăn được ưu tiên đầu tư ở mức cao nhất.