Năm 2025, Học viện Kỹ thuật Mật mã tuyển 600 chỉ tiêu. Trong đó, trường dành 520 chỉ tiêu cho các ngành An toàn thông tin, Công nghệ thông tin và Kỹ thuật điện tử - viễn thông tại cơ sở Hà Nội. Ngành An toàn thông tin nhiều nhất với 240 chỉ tiêu. Mỗi ngành còn lại tuyển 140 sinh viên.
Tại cơ sở TP. Hồ Chí Minh, Học viện Kỹ thuật Mật mã chỉ tuyển 80 chỉ tiêu cho duy nhất ngành An toàn thông tin, cấp bằng cử nhân.
Về phương thức tuyển sinh, bên cạnh việc Xét tuyển thẳng thí sinh đạt giải Nhì thi học sinh giỏi cấp tỉnh trở lên (với môn Toán, Tin, Lý, Khoa học Kỹ thuật), Học viện Kỹ thuật Mật mã chỉ xét duy nhất bằng điểm thi tốt nghiệp THPT.
Thí sinh có chứng chỉ IELTS từ 5.5, hoặc TOEIC từ 650, TOEFL iBT từ 65 trở lên sẽ được cộng 1-2 điểm ưu tiên. Mức điểm cộng này giảm 0,5 điểm so với năm ngoái.
| Chứng chỉ | Điểm cộng ưu tiên |
| IELTS 5.5-6.0, TOEIC 650-749, TOEFL iBT 65-79 | 1 |
| IELTS 6.5-7.0, TOEIC 750-849, TOEFL iBT 80-94 | 1,5 |
| IELTS 7.5, TOEIC 850, TOEFL iBT 95 trở lên | 2 |
Năm 2024, điểm chuẩn của Học viện Kỹ thuật Mật mã dao động từ 24,85 đến 26,1 điểm. Ngành Công nghệ thông tin ở cơ sở Hà Nội có điểm chuẩn cao nhất là 26,1 điểm. Ngành An toàn thông tin ở phân hiệu TP. Hồ Chí Minh có điểm chuẩn thấp nhất.
