GS.TS Trần Đức Viên, Chủ tịch Hội đồng Khoa học và Đào tạo, Học viện Nông nghiệp Việt Nam cho rằng, cần làm rõ thêm quy định “cơ sở giáo dục đại học đáp ứng đủ điều kiện thực hiện quyền tự chủ hoặc không còn đáp ứng đủ điều kiện thực hiện quyền tự chủ theo quy định…”
GS.TS Trần Văn Chứ cho rằng, khi bỏ cơ quan chủ quản thì vai trò của Hội đồng trường sẽ được thể hiện rõ ràng và hiệu trưởng sẽ không còn tư tưởng nhiệm kỳ và phải cố gắng làm việc tốt chứ không phải hoàn thành nhiệm vụ.
Bộ GD-ĐT đã xây dựng dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 99 với mục tiêu cụ thể hóa các chủ trương của Đảng về tăng cường tự chủ đại học; tháo gỡ các khó khăn, vướng mắc trong thực tiễn thực hiện; đồng bộ giữa quy định của Đảng, quy định của pháp luật…