Từ năm 2015 trở lại đây, mặt hàng phân bón từ diện áp dụng thuế giá trị gia tăng (VAT) 5% đã chuyển sang đối tượng không chịu thuế VAT theo Luật thuế 71. Điều này dẫn đến toàn bộ thuế VAT đầu vào phục vụ cho sản xuất, kinh doanh phân bón của các doanh nghiệp không được khấu trừ, do đó doanh nghiệp phải hạch toán phần thuế này vào phần chi phí làm cho giá thành sản phẩm tăng lên từ 5% - 8%. Kéo theo đó là giá phân bón đến tay bà con nông dân cũng bị tăng theo. Đặc biệt là những lúc giá phân bón biến động tăng mạnh, giá cả nông sản bấp bênh như năm 2022 vừa qua, người nông dân càng thêm khó khăn chồng chất...
Theo ý kiến của các doanh nghiệp, chính sách thuế VAT cũng khiến cho ngành phân bón Việt thua ngay trên sân nhà vì không có lợi thế cạnh tranh với phân bón nhập khẩu. Ở các nước khác, do thuế VAT đối với mặt hàng xuất khẩu là 0% nên nhà sản xuất được hoàn thuế VAT đối với toàn bộ chi phí đầu vào chịu thuế VAT và giá thành sản phẩm xuất khẩu của họ không bao gồm thuế VAT của chi phí đầu vào.
Hơn nữa, do được hưởng lợi từ việc cắt giảm thuế nhập khẩu ở Việt Nam theo cam kết của các hiệp định thương mại tự do (FTA), doanh nghiệp nước ngoài có điều kiện hạ giá bán phân bón để cạnh tranh với phân bón nội địa. Thực tế thời gian qua cho thấy, các doanh nghiệp sản xuất phân bón trong khu vực cũng dễ chen chân vào thị trường Việt Nam. Nhiều chuyên gia đã đưa ra cảnh báo rằng, các doanh nghiêp và ngành sản xuất phân bón trong nước sẽ tiếp tục gặp khó nếu như Luật 71 không sớm được sửa đổi.
Vì vậy, không ít doanh nghiệp ngành phân bón kiến nghị cấp bách đến Quốc hội, Chính phủ sớm có những điều chỉnh, sửa đổi, để chính sách thuế đối với ngành phân bón thật sự mang lại lợi ích hài hoà giữa Nhà nước, doanh nghiệp và nông nghiệp, người nông dân.
