Bên cạnh những kết quả đạt được, diện tích đất nông nghiệp bỏ hoang còn nhiều (trên địa bàn 10 huyện của tỉnh Quảng Nam, diện tích đất nông nghiệp bị bỏ hoang là 1.756,04ha, trong đó diện tích đất trồng lúa là 1.221,85ha). Trong khi người nông dân ít mặn mà quan tâm đến sản xuất nông nghiệp như trước thì việc liên kết, góp vốn bằng quyền sử dụng đất chưa được thực hiện nhiều, hiệu quả chưa cao; các cơ chế, chính sách khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn và khuyến khích hợp tác, liên kết trong sản xuất và tiêu thụ sản phẩm nông nghiệp chưa thực sự hiệu quả.