Tự chủ giáo dục đại học được quan tâm nhiều hơn ở Việt Nam trong khoảng 10 năm trở lại đây. Điều lệ trường đại học, ban hành theo Quyết định số 153/2003/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ xác định rõ “trường đại học được quyền tự chủ và tự chịu trách nhiệm theo quy định của pháp luật về quy hoạch, kế hoạch phát triển nhà trường, tổ chức các hoạt động đào tạo, khoa học, công nghệ, tài chính, quan hệ quốc tế, tổ chức và nhân sự”. Tư duy này tiếp tục được cụ thể hóa tại Điều 32 về quyền tự chủ và trách nhiệm giải trình của cơ sở giáo dục đại học trong Luật Giáo dục đại học (sửa đổi) năm 2018.
Quyền tự chủ của cơ sở giáo dục đại học được thể hiện trên các phương diện chủ yếu như tự chủ về học thuật và hoạt động chuyên môn, tổ chức và nhân sự và tài chính, tài sản. Tư duy tự chủ đã có sự tiếp thu kinh nghiệm và xu hướng quản trị giáo dục đại học tiên tiến trên thế giới. Từ năm 2014, có 23 cơ sở giáo dục đại học bắt đầu thí điểm tự chủ theo Nghị quyết 77 của Chính phủ về thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động đối với các cơ sở giáo dục đại học công lập giai đoạn 2014 - 2017, tạo ra sức sống mới trong môi trường giáo dục ở Việt Nam. Theo khảo sát của Bộ Giáo dục và Đào tạo, đến nay, trên 80% các trường triển khai tự chủ toàn diện, sâu rộng về tuyển sinh và đào tạo; trên 65% các trường triển khai tự chủ toàn diện, sâu rộng về hoạt động khoa học và công nghệ.
Luật Giáo dục đại học (sửa đổi) đã làm rõ hơn khuôn khổ pháp lý về tự chủ giáo dục đại học nhưng quá trình tự chủ giáo dục ở Việt Nam vẫn đứng trước nhiều thách thức, đòi hỏi giải quyết thỏa đáng mối quan hệ giữa cơ quan quản lý nhà nước về giáo dục, cơ quan chủ quản và cơ sở giáo dục đại học. Theo đó, cơ sở giáo dục đại học cần có sự độc lập nhất định với cơ quan quản lý nhà nước, cơ quan chủ quản và thị trường trong sứ mệnh giáo dục khai phóng của mình. Tự chủ đồng nghĩa với việc cơ sở giáo dục có quyền hạn nhiều hơn và trách nhiệm giải trình lớn hơn trước các cơ quan quản lý nhà nước và xã hội trong khi cơ quan quản lý nhà nước về giáo dục cần trao quyền nhiều hơn cho các cơ sở giáo dục đại học.
Tự chủ giáo dục đại học phù hợp với xu hướng dân chủ hóa giáo dục và quản trị giáo dục tiên tiến nhưng thực hiện được đến đâu phụ thuộc vào mức độ sẵn sàng của các bên liên quan mà trước hết là các cơ quan quản lý nhà nước về giáo dục. Theo đó, Bộ Giáo dục và Đào tạo và cơ quan chủ quản của các trường đại học cần có sự phân cấp, phân quyền thực chất hơn, tập trung vào việc xây dựng các khuôn khổ hoạt động chung và thanh tra, giám sát (hậu kiểm). Chế tài hậu kiểm nghiêm khắc và minh bạch sẽ buộc các cơ sở giáo dục đại học tự chủ phải cẩn trọng với từng quyết định của mình.
Bên cạnh đó, cơ chế hội đồng trường cũng cần được hoàn thiện và vận hành thực chất hơn với tư cách là thiết chế dân chủ, đại diện lợi ích của các bên liên quan. Nếu hoạt động thực chất, hội đồng trường sẽ thực hiện tốt vai trò định hướng và giám sát các hoạt động của nhà trường, bảo vệ quyền lợi của cán bộ, giảng viên và sinh viên. Tự chủ giáo dục đại học theo nghĩa đó không có nghĩa là buông lỏng quản lý. Tự chủ giáo dục đại học là quá trình tăng cường năng lực quản trị nhà trường hiện đại, thúc đẩy các cơ chế giám sát nội bộ đồng thời bảo đảm hiệu quả, hiệu lực quản lý nhà nước thông qua kiểm tra, giám sát.
