Bên cạnh đó, quy hoạch phát triển các cụm công nghiệp còn manh mún, diện tích dành cho các cụm công nghiệp còn nhỏ, không còn phù hợp; quá trình hoạt động, các cụm công nghiệp không có cơ chế tài chính để tạo nguồn kinh phí duy tu, bảo dưỡng, duy trì cơ sở hạ tầng; một số cụm công nghiệp đi vào hoạt động nhưng chưa có công trình xử lý nước thải theo quy định…
Tỉnh Vĩnh Phúc đang tích cực tìm biện pháp tháo gỡ các khó khăn trên; trong đó, tập trung vào việc xây dựng cơ chế, chính sách mang tính ổn định cao để phát triển các cụm công nghiệp. Vĩnh Phúc sẽ tạo điều kiện thuận lợi để doanh nghiệp được vay vốn ưu đãi từ ngân hàng theo tiến độ của dự án, nhất là dự án xây dựng kết cấu hạ tầng cụm công nghiệp, các doanh nghiệp nhỏ và vừa đầu tư sản xuất kinh doanh trong cụm công nghiệp. Đồng thời, tăng cường đào tạo nguồn nhân lực cho các cụm công nghiệp, cụm công nghiệp làng nghề; tổ chức hội nghị xúc tiến đầu tư nhằm kêu gọi các nhà đầu tư trong và ngoài tỉnh đầu tư hạ tầng, đầu tư thứ cấp vào cụm công nghiệp.
Những năm qua, cùng với việc đầu tư vào các khu công nghiệp, tỉnh Vĩnh Phúc chú trọng đầu tư phát triển hạ tầng kỹ thuật các cụm công nghiệp, từ đó tạo điều kiện để các doanh nghiệp nhỏ và vừa, các cơ sở sản xuất công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp tiếp cận mặt bằng, có địa điểm phát triển sản xuất, kinh doanh.
Hiện nay, trên địa bàn tỉnh Vĩnh Phúc đã có 16 cụm công nghiệp được thành lập và giao chủ đầu tư xây dựng, kinh doanh hạ tầng với tổng diện tích gần 424 ha. Các cụm công nghiệp đi vào hoạt động, thu hút 642 cơ sở sản xuất, kinh doanh đầu tư vào cụm công nghiệp; từng bước giải quyết vấn đề ô nhiễm môi trường trong các làng nghề, khu sản xuất tập trung và giải quyết việc làm tại chỗ cho hơn 13.000 lao động; trong đó, có 4 cụm đạt tỷ lệ lấp đầy 100% là cụm công nghiệp Yên Đồng, Tề Lỗ, thị trấn Yên Lạc và Hùng Vương - Phúc Thắng.
Các cụm công nghiệp được thành lập và đi vào hoạt động góp phần hỗ trợ, bổ sung cho các khu công nghiệp, tạo điều kiện cho các doanh nghiệp nhỏ và vừa, các cá nhân, hộ gia đình có nhiều cơ hội để tiếp cận mặt bằng, có địa điểm phát triển sản xuất kinh doanh. Qua đó, từng bước giải quyết vấn đề ô nhiễm môi trường trong các làng nghề, giải quyết việc làm tại chỗ, tạo thu nhập cho lao động nông thôn.
Để khuyến khích phát triển cụm công nghiệp trên địa bàn, tỉnh Vĩnh Phúc đã ban hành nhiều chính sách đặc thù để hỗ trợ, tạo điều kiện thu hút đầu tư phát triển cụm công nghiệp như: Hỗ trợ 100% kinh phí lập, thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường dự án đầu tư hạ tầng cụm công nghiệp, dự án đầu tư hạ tầng kỹ thuật, rà, phá bom mìn trong cụm công nghiệp; hỗ trợ 700 triệu đồng/ha vốn thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng; hỗ trợ 30% kinh phí xây dựng hệ thống điện phục vụ cụm công nghiệp và nhà điều hành, quản lý cụm công nghiệp. Cùng với đó, doanh nghiệp nhỏ và vừa, được đầu tư bằng 100% vốn của doanh nghiệp trong nước khi thực hiện hoạt động đầu tư sản xuất kinh doanh trong cụm công nghiệp cũng được hỗ trợ 10% giá thuê mặt bằng.
Năm 2009, cụm công nghiệp làng nghề Yên Đồng, huyện Yên Lạc được thành lập, đáp ứng nhu cầu thuê mặt bằng, mở rộng quy mô sản xuất của các doanh nghiệp, cơ sở sản xuất tiểu thủ công nghiệp trên địa bàn xã. Hiện nay, cụm công nghiệp làng nghề Yên Đồng đã thu hút hơn 100 hộ vào sản xuất kinh doanh ngành nghề tái chế nhựa và các dịch vụ phục vụ ngành tái chế; góp phần giải quyết việc làm cho hơn 200 lao động địa phương, với mức thu nhập bình quân hơn 5 triệu đồng/người/tháng.
Cụm công nghiệp Đồng Sóc, huyện Vĩnh Tường là cụm công nghiệp được đầu tư hạ tầng theo hướng hiện đại, đi theo hướng thu hút các nhà đầu tư lớn, trong đó có cả các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài. Trên diện tích 75ha, chủ đầu tư xây dựng nhà máy xử lý nước thải có công suất 15.000 m3/ngày đêm, hệ thống giao thông nội bộ hoàn chỉnh, nhà máy xử lý nước thải công suất 15.000 m3/ngày đêm. Hiện nay, đã có 15 doanh nghiệp nước ngoài đang hoạt động với tổng diện tích đạt gần 67%, điển hình như: Công ty KCC, Công ty YPE, Công ty Partron Vina…