Viện đã nghiên cứu thành công và chuyển giao công nghệ sinh sản nhân tạo và nuôi trồng các loại hải sản cho nhiều địa phương trong cả nước. Một số kết quả nghiên cứu của Viện đã được các nước trong khu vực ứng dụng. Bên cạnh đó, Viện còn có nhiều đóng góp quan trọng trong nghiên cứu môi trường và bệnh thuỷ sản, góp phần ổn định sản xuất ở khu vực Nam Trung bộ và Tây Nam bộ.
Định hướng đến năm 2020, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thuỷ sản III phấn đấu trở thành đơn vị nghiên cứu, chuyển giao công nghệ thuỷ sản có uy tín trong cả nước, vươn ra khu vực Đông Nam Á và Quốc tế. Để đạt được mục tiêu này, Viện đang nỗ lực nghiên cứu sản xuất vắc - xin nhược độc cho cá tra, ứng dụng công nghệ enzyme để sản xuất thức ăn cho cá chình; công nghệ nuôi cá chình năng suất cao bằng hệ thống nước tuần hoàn, oxy lỏng; xây dựng Trung tâm Công nghệ sinh học và vắc - xin thuỷ sản; chú trọng phát triển công nghệ cao…