Tại thành phố Hà Nội năm 1997 chỉ có 8 hiện tượng tôn giáo mới, sau khi sáp nhập tỉnh Hà Tây năm 2010 đã ghi nhận 24 hiện tượng tôn giáo mới, trong đó có 14 chiếm 58% hiện tượng tôn giáo mới phát sinh tại chỗ, 7 hiện tượng tôn giáo mới từ các địa phương khác và từ nước ngoài du nhập vào. Đến nay, một số hiện tượng đã suy giảm hoặc tan rã, như đạo Nam Mi Bồ Tát, đạo Thiên Đình, đạo Hội số mệnh, đạo Quảng Minh, Chi bộ Đảng Cộng sản Tâm Đức - Trí Tài; song một số hiện tượng như Hoàng Thiên Long, Ngọc Phật Hồ Chí Minh, Câu lạc bộ Tâm linh Việt, Long Hoa Di Lặc, Con Rồng cháu Tiên, Pháp luân công, Vô vi pháp, Pháp môn Diệu âm... lại phát triển ra nhiều địa bàn.
Hiện nay tại Hà Nội có 16 đạo lạ, tà giáo và một số hiện tượng mê tín, xuất hiện tại 28/30 quận/huyện, số lượng người tin theo khá đông và chưa có số liệu thống kê. Trong đó, 4 hiện tượng tôn giáo mới nội sinh là: Long hoa Di lặc, Ngọc Phật Hồ Chí Minh, Hoàng Thiên Long, Giáo hội Lạc Hồng; 4 hiện tượng tôn giáo mới ngoại sinh là: Pháp môn diệu âm, Thanh Hải vô thượng sư, Nhất quán đạo, Đức Chúa trời Mẹ; số tín đồ tham gia sinh hoạt gần 2.000 người.
Trong thời đại công nghệ 4.0, các hiện tượng tôn giáo mới ngày càng hoạt động tinh vi hơn, lợi dụng tâm linh, tín ngưỡng để tuyên truyền mê tín, biến tướng phức tạp, gây hoang mang dư luận và khó khăn cho các cơ quan quản lý nhà nước. Thời gian qua, đã xảy ra nhiều vụ việc liên quan đến hoạt động của các hiện tượng tôn giáo gây bức xúc dư luận, nổi bật như hoạt động của Câu lạc bộ Tình người; vụ việc Lương Chính Khang (Thầy Long); Câu lạc bộ Năng lượng gốc Trống Đồng...
Sự xuất hiện các hiện tượng tôn giáo mới vừa có tính tích cực, vừa có tính tiêu cực. Vấn đề đặt ra là dự báo xu hướng của các hiện tượng tôn giáo để phát huy mặt tích cực, đồng thời ngăn ngừa mặt tiêu cực có thể nảy sinh. Ban Tôn giáo Thành phố Hà Nội nhận thấy cần thiết phải có sự chủ động phối hợp của các sở, ngành, đơn vị liên quan vào cuộc để kịp thời tham mưu, đề xuất UBND thành phố Hà Nội có phương án xử lý dứt điểm hoạt động vi phạm Luật Tín ngưỡng, tôn giáo, nhằm ổn định tình hình an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội trên địa bàn Thủ đô. Mục tiêu đặt ra là cụ thể hóa thành công đường lối chính sách của Đảng và Nhà nước trong các vấn đề tín ngưỡng, tôn giáo; tạo sức mạnh tổng hợp toàn dân giữ vững mặt trận văn hóa, tôn giáo, tín ngưỡng lành mạnh, đủ sức bảo vệ, ngăn chặn những tác động tiêu cực từ trong nội bộ ra và từ bên ngoài du nhập vào.
Căn cứ tình hình thực tế, Ban Tôn giáo thành phố đã trình Ủy ban Nhân dân thành phố ban hành kế hoạch triển khai công tác quản lý nhà nước đối với hoạt động tín ngưỡng, đạo lạ và hiện tượng tôn giáo mới năm 2022 và những năm tiếp theo. Việc ban hành kế hoạch này nhằm bảo đảm quyền tự do tín ngưỡng của người dân; nâng cao hiệu quả công tác quản lý nhà nước đối với các hoạt động tín ngưỡng, đạo lạ, hiện tượng tôn giáo mới; bảo tồn, phát huy giá trị đạo đức, văn hóa truyền thống tốt đẹp trong hoạt động tín ngưỡng, đồng thời hạn chế, ngăn chặn, đẩy lùi các hoạt động tín ngưỡng tiêu cực, trái pháp luật gây ảnh hưởng xấu đến an ninh chính trị, kinh tế, văn hóa xã hội. Từ đó, góp phần xây dựng khối đại đoàn kết toàn dân, ổn định xã hội, ngăn chặn các thế lực xấu, lợi dụng tín ngưỡng làm ảnh hưởng tới an ninh chính trị, trật tự xã hội, củng cố khối đại đoàn kết toàn dân tộc. Đồng thời, khẳng định sự thống nhất của Đảng, Nhà nước về chính sách tôn trọng tự do tín ngưỡng, tôn giáo của mọi người.
Bên cạnh việc chủ động đấu tranh với các hoạt động lợi dụng tín ngưỡng, hiện tượng tôn giáo mới để kích động, chia rẽ nhân dân, ảnh hưởng tới an ninh chính trị, trật tự, an toàn xã hội, Ban Tôn giáo thành phố Hà Nội cũng chủ động nghiên cứu, kiến nghị Bộ Nội vụ trình Chính phủ tiếp tục rà soát, bổ sung, hoàn thiện hệ thống pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo mới theo hướng thể chế hóa đầy đủ quan điểm của Đảng, bảo đảm sự đồng bộ giữa các luật có liên quan, tạo hành trang pháp lý thuận lợi cho hoạt động tín ngưỡng, tôn giáo, cũng như điều chỉnh các hiện tượng tôn giáo mới.
Nâng cao hiệu quả công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát trên lĩnh vực quản lý nhà nước về đạo lạ, hiện tượng tôn giáo mới; nghiên cứu, theo dõi phương thức hoạt động, từ đó đề ra các giải pháp quản lý nhà nước đối với các hiện tượng tôn giáo mới; xây dựng mô hình quản lý nhà nước đối với các hiện tượng tôn giáo mới trên địa bàn Thủ đô.
Mới đây, Ban Tôn giáo thành phố Hà Nội đã thành lập Phòng Tín ngưỡng và Hiện tượng tôn giáo mới. Phòng có chức năng giúp Trưởng ban Tôn giáo thành phố thực hiện việc liên hệ, phối hợp với các cấp, các ngành trên địa bàn thành phố, các tổ chức, cá nhân thuộc tín ngưỡng và hiện tượng tôn giáo mới. Đồng thời, tham mưu lãnh đạo Ban thực hiện chức năng quản lý nhà nước, xây dựng và tổ chức thực hiện các kế hoạch, nội dung công tác đối với lĩnh vực tín ngưỡng và hiện tượng tôn giáo mới trên địa bàn thành phố Hà Nội; tiếp nhận phân loại, đề xuất cách xử lý, giải quyết các nhu cầu chính đáng của tổ chức và cá nhân liên quan đến tín ngưỡng và hiện tượng tôn giáo mới theo quy định.