Một trong những hạn chế, tồn tại của Luật Hợp tác xã năm 2012 là chính sách hỗ trợ, ưu đãi của Nhà nước chưa hiệu quả, thiếu trọng tâm, trong khi đa số hợp tác xã ở nước ta có quy mô nhỏ, thành viên phần nhiều là đối tượng dễ bị tổn thương. Do vậy, Dự thảo Luật Hợp tác xã (sửa đổi) cần quy định chi tiết hơn, ưu tiên nhiều nguồn lực hơn cho các tổ chức này.