Theo đại biểu Đỗ Văn Yên, giao dịch điện tử có phạm vi tác động rộng, trong đó có các quy định yêu cầu bảo đảm tính bảo mật, an ninh, an toàn thông tin thông điệp dữ liệu trong giao dịch điện tử, trong cung cấp, quản lý chứng thư điện tử và chữ ký điện tử. Qua nghiên cứu hồ sơ dự thảo luật cho thấy, Dự thảo luật đã quy định những hành vi bị nghiêm cấm khi thực hiện luật giao dịch điện tử là phù hợp. Tuy nhiên, đại biểu cũng nhận thấy, những hành vi "tiết lộ dữ liệu tạo chữ ký số", "giả mạo chữ ký số" cần được nghiêm cấm trong giao dịch điện tử. Do đó, đề nghị Ban soạn thảo cân nhắc, bổ sung những hành vi trên vào khoản 6, Điều 9.
Về thời điểm gửi nhận thông điệp dữ liệu trong giao kết và thực hiện hợp đồng điện tử, dự thảo luật quy định thời điểm gửi và nhận thông điệp dữ liệu của các chủ thể được xác định trong các trường hợp các bên tham gia giao dịch không có thỏa thuận khác thì ở bất kỳ địa điểm nào, thông điệp dữ liệu được gửi đi và nhận thì địa điểm đó vẫn được coi là trụ sở của người gửi, người nhận nếu người gửi, người nhận là cơ quan, tổ chức; được coi là nơi cư trú nếu người gửi, người nhận là cá nhân. Về vấn để này, đại biểu Đỗ Văn Yên đánh giá: quy định như vậy là phù hợp với tính chất giao dịch điện tử trên môi trường điện tử. Tuy nhiên, đại biểu cũng cho rằng, quy định này chưa thống nhất với Luật Cư trú, Luật Doanh nghiệp quy định về nơi cư trú và trụ sở của cơ quan, tổ chức và doanh nghiệp. Đồng thời, việc xác định địa điểm gửi, nhận thông điệp dữ liệu, giao kết hợp đồng điện tử có ý nghĩa quan trọng trong quá trình thực hiện hợp đồng và giải quyết phát sinh tranh chấp trên thực tế. Do đó, đại biểu đề nghị Ban soạn thảo nghiên cứu bổ sung quy định về vấn đề này chặt chẽ hơn và phù hợp với các luật liên quan.
Về trách nhiệm cung cấp và quản lý chữ ký số chuyên dùng công vụ, đại biểu Đỗ Văn Yên nêu rõ, đây là vấn đề quan trọng liên quan đến an ninh, an toàn quốc gia, là bí mật nhà nước. Vấn đề này đã được nhiều đại biểu Quốc hội ý kiến tại Kỳ họp thứ Tư. Ban soạn thảo đã tiếp thú ý kiến các đại biểu và bổ sung vào dự thảo luật tại khoản 2, khoản 3 Điều 7 và bổ sung khoản 4 Điều 7 quy định: "Bộ trưởng Bộ Quốc phòng xây dựng và phát triển hệ thống chứng thực chữ ký số chuyên dùng công vụ dùng công vụ theo quy định của pháp luật". Tuy nhiên, dự thảo luật chưa quy định cụ thể nhiệm vụ về quản lý và cung cấp chữ ký số chuyên dùng công vụ.
Để bảo đảm thống nhất, đồng bộ với khoản 2, Điều 6 Luật Cơ yếu về trách nhiệm quản lý nhà nước của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng trong lĩnh vực cơ yếu; cụ thể hóa Nghị quyết số 56 năm 2020 của Bộ Chính trị về chiến lược phát triển ngành cơ yếu Việt Nam đến năm 2030 và định hướng đến năm 2045 cũng như thống nhất, phù hợp với quy định tại Điều 27 của dự thảo luật về dịch vụ chứng thực chữ ký số chuyên dùng công vụ..., đại biểu Đỗ Văn Yên đề nghị Ban soạn thảo cân nhắc, sửa đổi quy định này với nội dung: Bộ trưởng Bộ Quốc phòng xây dựng, phát triển và bảo đảm cung cấp, quản lý hệ thống dịch vụ chứng thực chữ ký số chuyên dụng công vụ theo quy định của pháp luật.