Chùa Đậu thờ thần Pháp Vũ, còn thần Pháp Vân được thờ tại Pháp Vân tự. Tại chùa Đậu có sách đồng, thì ở chùa Pháp Vân có sách bạc, làm vào đời vua Thành Thái, gồm 8 lá bạc cỡ 13cm x 22,5cm, khắc chữ Hán. Tên sách Nam Thiên nhị pháp sự tích chân kinh phụng lục được dát vàng mười. Hai tờ bìa bằng đồng có chạm nổi hình độc long. Sách bạc cùng sách Thái Ninh niên chế ngọc phả của chùa có ghi tích Phật thoại (thời Lý Nhân Tông): khi đám rước tượng Phật đi cầu mưa, đến xứ Bồ Đà thuộc tam thôn Văn Giáp thì bỗng mưa to, sấm chớp nổi lên, trời đất tối sầm. Lúc sau trời tạnh quang, đám rước khởi hành nhưng chỉ khiêng được hai kiệu rước Pháp Vũ, Pháp Điện, còn hai kiệu rước Pháp Vân, Pháp Lôi không đi được. Việc được tâu lên, vua phán rằng, sinh ra ở phương tây, muốn trấn ngự ở phương nam, đất này ắt có linh khí. Rồi nhà vua cấp tiền dựng hai ngôi chùa, cho thần dân đèn hương thờ phụng.
Pháp Vân tự được xây dựng gần bên con đường thiên lý Thăng Long về trấn Sơn Nam Thượng, nay là Quốc lộ 1. Chùa nhìn về hướng nam, sân trước của chùa rộng rãi, lát gạch Bát Tràng, cứ vào ngày 8.4 hàng năm dựng nhiều cờ phướn và bày hai cỗ kiệu long đình sơn son thếp vàng rực rỡ. Sân chùa có tấm bia Pháp Vân tự bi ký dựng năm Hoằng Định mười bảy (1616), ghi việc tăng Đạo duệ Nguyễn Tiềm đứng ra cùng một số quan lại và dân địa phương sửa chùa. Cạnh bia có đôi rồng đá tạo tác theo nghệ thuật thời Lê, có giá trị lớn về nghệ thuật và lịch sử. Tòa đại bái dài 21m, rộng 9m, cao hai tầng, tầng trên treo chuông đồng, nên cũng gọi là gác chuông. Quả chuông treo ở đây cao 1,9m và đường kính 1,05m. Tiếp theo là nhà tiền đường với ba gian rộng. Gian giữa có hương án lớn đắp nổi rồng, nghê và hoa sen cách điệu, để một bát hương lớn niên đại thời Lê. Sau hương án có đôi khổng tước sơn son thếp vàng, tạc liền chân, cao 2,2m. Gian chính điện này còn có hai bức cửa võng chạm nổi hình tượng lưỡng long chầu nguyệt, điểm xuyết tứ linh. Đây là những di vật của thế kỷ XVIII , đẹp và rất quý hiếm. Trong tòa tiền đường có tượng Đức Ông và tượng đức Thánh Hiền, bên phải treo một quả chuông đồng, bên trái treo khánh đồng, đều là những di vật có giá trị văn hóa- lịch sử.
Nơi tôn nghiêm nhất chùa Pháp Vân là tòa thượng điện. Trên bệ thờ ở gian giữa là một khám gỗ lớn có mái, làm theo kiểu mui thuyền. Xung quanh khám có ba tấm che, mỗi bức che là một tác phẩm sơn mài khảm trai đề tài long vân khánh hội. Trong khám thờ đặt tượng thần Pháp Vân, pho tượng chính của chùa. Tượng bằng gỗ, sơn màu cánh gián, cao 1,3m, tư thế tĩnh tọa, hai chân xếp bằng, bàn tay hướng về phía trước, nét mặt trang nghiêm và phúc hậu, mắt nhìn thẳng xa xăm. Người nghệ nhân xưa đã đạt tới trình độ cao của phong cách điêu khắc tượng thờ cổ truyền là kiết già, tĩnh tọa và nhập định. Gương mặt tượng mô phỏng gương mặt phụ nữ Việt Nam, phúc hậu, cổ cao ba ngấn. Cánh tay tượng tròn và thon, tạc liền vòng trang sức. Mình tượng mặc yếm, có dải bao lưng tạc liền vào thân, thắt múi phía trước. Đầu tượng đội mũ kim Phật, trên đỉnh đầu để lộ búi tóc. Tượng được đặt ngồi trên ngai, bên ngoài có phủ áo gấm. Theo tài liệu của các vị tăng sư trụ trì quá cố để lại và chuyện truyền tụng trong dân gian thì tượng Pháp Vân đã có từ rất lâu đời. Sách Đại Việt sử ký toàn thư có ghi: “Quý Sửu, Thái Ninh năm thứ hai (1073)... Bấy giờ mưa dầm, rước tượng Pháp Vân về Kinh đô để cầu tạnh”. Như vậy, tượng Pháp Vân là pho tượng đặc biệt cổ kính! Tại chùa còn có đôi câu đối cổ của Tiến sỹ Trịnh Lý Hưởng, thời Lê, viết (tạm dịch): Có một vị thần được tạc từ cây dâu ra, linh thiêng muôn đời/ Cầu đảo thì linh ứng, hai đền xây trên đất bồ đề. Hai đền, là chỉ hai chùa Pháp Vân và Pháp Lôi. Năm 1947, chùa Pháp Lôi bị giặc Pháp phá hủy, dân thôn Văn Hội, liền kề thôn Văn Giáp, đã rước tượng thần Pháp Lôi về thờ ở chùa Văn Hội.
Tín ngưỡng thờ Tứ Pháp (Vân, Vũ, Lôi, Điện- tức Mây, Mưa, Sấm, Sét) đã hình thành từ khi Phật giáo mới du nhập vào nước ta và được tin sùng ở đồng bằng Bắc Bộ. Trải qua các thời Lý, Trần, Lê, Nguyễn... các ngôi chùa thuộc tín ngưỡng này được bảo vệ chăm sóc chu đáo, trong đó có chùa Pháp Vân - cổ tự có quy mô lớn, bề thế.
