Đầu tiên, cơ quan này phải có năng lực chuyên môn, được hỗ trợ nguồn ngân sách đầy đủ. Ở những nước thiếu tiềm lực hay thiếu những chuyên gia có trình độ, điều này khó có thể thực hiện được. Tuy nhiên, cũng có nhiều trường hợp, cơ quan lập pháp đã vượt qua được những trở ngại này bằng cách tận dụng nguồn tài chính và kinh nghiệm của các tổ chức quốc tế.
Thứ hai, cơ quan kiểm toán phải có được thông tin một cách chính xác và kịp thời. Đây là một trong những nhân tố mà cơ quan kiểm toán gặp khó khăn nhất. Tình trạng thiếu thông tin có thể do Chính phủ không chịu cung cấp. Tuy nhiên, thường thì SAI không tìm kiếm được thông tin là do thông tin này không được lưu giữ. Trong trường hợp đó, cơ quan lập pháp có thể tăng cường hiệu quả của công tác lưu trữ thông tin bằng cách thiết lập cơ sở dữ liệu được lưu trữ trong hệ thống máy tính, hoặc sử dụng những công cụ khác. Chọn lựa phương pháp nào sẽ dựa trên phương thức kiểm toán được thực hiện và mức độ phức tạp của hệ thống ngân sách. Chẳng hạn, việc kiểm toán đánh giá hiệu quả hoạt động có thể cần đến những thông tin mà Chính phủ không dùng đến trong hoạt động thường ngày. Trong trường hợp này, việc thiếu thông tin không làm ảnh hưởng đến sự vận hành của cả hệ thống. Tuy nhiên nếu SAI không thể tiếp cận những thông tin tài chính cơ bản từ các cuộc kiểm toán chứng thực hay đánh giá hiệu quả thì lúc đó cần phải có những giải pháp mang tính hệ thống. Cơ quan hành pháp và lập pháp có thể cùng phối hợp xác định những thông tin cơ bản mà SAI có thể cần đến trong quá trình hoạt động và sau đó sẽ lập ra kế hoạch để đạt được những mục tiêu này. Một hệ thống hoạt động hiệu quả phải bảo đảm được rằng cơ quan hành pháp sẽ tự động công bố các bản báo cáo tài chính theo lịch trình định trước và các bản báo cáo tài chính được công bố trước khi kết thúc năm tài khóa hàng năm. Để làm được điều này cần phải có hệ thống thông tin được vi tính hoá và đội ngũ nhân viên có kinh nghịêm.
Một vấn đề khác được quan tâm là tính độc lập của SAI. Nếu SAI không tồn tại độc lập thì các yếu tố kỹ thuật cũng không thể bảo đảm hiệu quả cho công tác kiểm toán tài chính công. Tổ chức quốc tế các Cơ quan Tổng kiểm toán (INTOSAI) đã thông qua Tuyên bố Lima vào năm 1977, đưa ra một số điều kiện cần để bảo đảm hoạt động tối ưu của một Cơ quan Tổng kiểm toán ở bất cứ quốc gia nào, trong đó hạn chế áp lực của cơ quan hành pháp và các giới hạn trong hoạt động của một cơ quan Tổng kiểm toán. Nếu không độc lập về hoạt động cũng như tài chính, cơ quan Tổng kiểm toán có thể bị thao túng, dễ dẫn đến những báo cáo thiếu trung thực, không tập trung vào những vấn đề gây tranh cãi trong khi lại bỏ qua những hiện tượng sai trái, tham nhũng. Điều này hạn chế khả năng của Nghị viện trong nhiệm vụ giám sát tài chính-ngân sách, chống tham nhũng.
Cơ quan chủ quản: Văn phòng Quốc hội
