Tuy nhiên, trong quá trình cơ cấu lại doanh nghiệp nhà nước vẫn còn một số hạn chế; tiến độ cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước còn chậm, chưa đạt mục tiêu đề ra; mô hình quản trị doanh nghiệp chậm được đổi mới.
Về cổ phần hóa, thoái vốn - đây không phải là mục tiêu cuối cùng của quản lý doanh nghiệp nhà nước mà là cách thức để cơ cấu lại nguồn lực của nhà nước. Bởi vậy, có lúc chậm là cần thiết vì còn phụ thuộc vào thị trường vốn từng thời kỳ và phải hoàn thiện chính sách theo kịp những diễn biến thực tế, vừa đẩy nhanh tiến độ nhưng cũng phải bảo đảm không thất thoát vốn, tài sản của Nhà nước.
Vướng mắc lớn nhất làm chậm cổ phần hóa, thoái vốn hiện nay là xử lý về đất đai. Pháp luật hiện hành quy định đất đai thuộc sở hữu toàn dân do Nhà nước đại diện chủ sở hữu và thống nhất quản lý. Hình thức giao đất vì mục đích kinh doanh cho doanh nghiệp nhà nước và doanh nghiệp ngoài nhà nước là giống nhau, đều là cho thuê. Vấn đề là phải bảo đảm lợi ích từ đất đai thuộc về Nhà nước, nhất là giá trị thương mại của đất đai theo thời gian.
Theo quy định hiện hành, để cổ phần hóa các doanh nghiệp phải làm 2 bước. Bước 1, lập phương án xử lý, sắp xếp nhà đất theo Nghị định số 167/2017. Bước 2, lập phương án sử dụng đất khi chuyển sang công ty cổ phần theo Nghị định số 126. Quy định như vậy là chặt chẽ, cần thiết, tránh thất thoát. Nhưng bước 1, doanh nghiệp phải tự làm và báo cáo chính quyền địa phương, các bộ, ngành rất phức tạp, mất thời gian, nhất là doanh nghiệp lớn sử dụng đất đai ở nhiều tỉnh, thành phố.
Vì vậy, cần tổ chức thực hiện việc rà soát, lập phương án sử dụng đất theo Nghị định số 167 theo hướng không để các doanh nghiệp tự làm mà chính quyền địa phương cấp tỉnh cần chủ trì cùng các bộ, ngành rà soát, sắp xếp một cách toàn diện đồng bộ đất đai do các doanh nghiệp nói chung và các doanh nghiệp nhà nước đang quản lý, gắn với quy hoạch sử dụng đất ở địa phương. Kết hợp di dời các cơ sở sản xuất, kinh doanh đan xen trong đô thị ra các khu công nghiệp tập trung, thu hồi đất không cần dùng, không phù hợp quy hoạch để phục vụ phát triển kinh tế - xã hội ở địa phương. Thực tế ở Hải Phòng, đến nay gần như tất cả các doanh nghiệp sản xuất, nhất là những cơ sở sản xuất có nguy cơ ô nhiễm đã được di dời ra khỏi đô thị về các khu công nghiệp tập trung. Thành phố vẫn tiếp tục đẩy mạnh phát triển, mở rộng các khu công nghiệp, doanh nghiệp dễ tiếp cận đất đai, thuận tiện sản xuất, bảo vệ môi trường, thành phố có điều kiện chỉnh trang đô thị.
Về quản trị doanh nghiệp nhà nước, trước hết cần thống nhất quan điểm doanh nghiệp nhà nước không chỉ có mục đích kinh doanh vì lợi nhuận thuần túy như các loại hình doanh nghiệp khác. Lý do quan trọng nhất để Nhà nước còn đầu tư vào doanh nghiệp là vì lợi ích của người dân, vì lợi ích quốc gia. Bộ Kế hoạch và Đầu tư đang xây dựng đề án khung quản trị cho doanh nghiệp nhà nước, nhưng từ thực tiễn cho thấy, việc quản trị tốt phải xuất phát từ nhu cầu tự thân của doanh nghiệp, từ trách nhiệm của người chủ sở hữu thực sự của doanh nghiệp đó.
Hiện nay, quyền sở hữu vốn trong doanh nghiệp nhà nước thực hiện theo hình thức người đại diện, nhưng trong tập đoàn, tổng công ty còn có công ty "con", công ty "cháu", lãnh đạo và người đại diện doanh nghiệp nhà nước được bổ nhiệm theo nhiệm kỳ, chịu sự quản lý gần như công chức. Hầu hết quyết định kinh doanh đều phải báo cáo, chờ ý kiến của đại diện chủ sở hữu cấp trên.
Quốc hội đã thông qua Luật Doanh nghiệp với sửa đổi quan trọng về khái niệm doanh nghiệp nhà nước nhưng đây mới là về hình thức. Do vậy, cần sớm nghiên cứu, sửa đổi Luật Quản lý, sử dụng vốn, tài sản nhà nước đầu tư vào doanh nghiệp và các luật liên quan, luật hóa vị trí pháp lý của Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp; quy định phân cấp rõ hơn về quyền sở hữu, quyền quản lý doanh nghiệp, quyền điều hành doanh nghiệp của các tổ chức và cá nhân liên quan. Theo đó, Ủy ban Quản lý vốn và các cơ quan đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước cần tập trung xây dựng và quản trị chiến lược phát triển doanh nghiệp, gắn với cơ cấu lại trong nội bộ doanh nghiệp đó; đồng thời trao quyền chủ động cho doanh nghiệp trong phạm vi chiến lược, đề án cơ cấu đã được phê duyệt.
