Điều 66, Luật Trọng tài thương mại năm 2010 quy định bên được thi hành phán quyết trọng tài phải nộp đơn yêu cầu thi hành án, kèm theo tài liệu liên quan. Tuy nhiên, bên được thi hành phán quyết trọng tài gặp khá nhiều khó khăn trong việc thu thập tài liệu chứng minh bên phải thi hành phán quyết không yêu cầu hủy phán quyết trọng tài theo quy định.
Bên cạnh đó, không ít trường hợp lợi dụng quy định về hủy phán quyết trọng tài để nộp đơn đề nghị Tòa án có thẩm quyền hủy phán quyết trọng tài. Chính vì thế, sẽ kéo dài thời gian thi hành án và trong trường hợp nếu Tòa án thụ lý giải quyết yêu cầu hủy phán quyết trọng tài sau khi cơ quan Thi hành án dân sự đã thụ lý tổ chức thi hành án sẽ gây khó khăn cho cơ quan thi hành án. Bởi lẽ, hiện pháp luật chưa có quy định cụ thể về trường hợp này, nên cơ quan thi hành án dân sự chưa có cơ sở để giải quyết.
Trong quá trình thi hành phán quyết trọng tài, trường hợp cần phải áp dụng các biện pháp khẩn cấp tạm thời, căn cứ vào Khoản 2, Điều 8, Luật Trọng tài năm 2010 quy định cơ quan thi hành án dân sự có thẩm quyền thi hành quyết định áp dụng biện pháp khẩn cấp tạm thời của Hội đồng trọng tài là cơ quan thi hành án dân sự tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương nơi biện pháp khẩn cấp tạm thời cần được áp dụng.
Tuy nhiên, hiện Luật Thi hành án dân sự chỉ quy định thi hành đối với quyết định áp dụng biện pháp khẩn cấp tạm thời của Tòa án mà chưa có quy định thi hành đối với quyết định áp dụng biện pháp khẩn cấp tạm thời của Hội đồng Trọng tài. Do đó, khi ban hành phán quyết trọng tài, Hội đồng Trọng tài không thể ghi nhận việc duy trì việc áp dụng biện pháp khẩn cấp tạm thời của Tòa án (trong trường hợp một bên yêu cầu áp dụng) dẫn đến việc cơ quan thi hành án dân sự gặp khó khăn trong quá trình áp dụng thi hàng nội dung khẩn cấp tạm thời để bảo đảm thi hành phán quyết trọng tài.
Đáng nói hơn, hiện nay không ít phán quyết của Hội đồng Trọng tài không rõ ràng, nội dung khó khi hành gây ra không ít khó khăn cho cơ quan thi hành án. Đơn cử, Chi cục Thi hành án dân sự TP. Hồ Chí Minh cho biết đã gặp một số trường hợp có nội dung khó thi hành. Cụ thể, sau khi phán quyết trọng tài có hiệu lực pháp luật, bên được thi hành án có đơn yêu cầu Chi cục thi hành án thi hành phán quyết trọng tài về nội dung yêu cầu bên phải thi hành thanh toán số tiền thi công công trình còn thiếu. Tuy nhiên, trong quá trình thi hành phán quyết trọng tài, bên nguyên đơn không cung cấp được hồ sơ hoàn công. Do đó, bị đơn không đồng ý cho giải ngân và đề nghị cơ quan thi hành án không giải ngân cho đến khi bị đơn nhận được hồ sơ hoàn công
