Giữa KTNN và HĐND ở địa phương tồn tại mối quan hệ tương trợ, bổ sung cho nhau. Khi chuẩn bị tiến hành xây dựng kế hoạch kiểm toán, KTNN khu vực phối hợp chặt chẽ với Thường trực, Ban Kinh tế - Ngân sách HĐND tỉnh trong việc khảo sát, thu thập thông tin lập kế hoạch kiểm toán năm và kế hoạch kiểm toán tổng quát của mỗi cuộc kiểm toán. Khi xây dựng kế hoạch kiểm toán năm, KTNN đã xem xét, quyết định việc thực hiện kiểm toán theo đề nghị của Thường trực HĐND tỉnh, Ban Kinh tế - Ngân sách để tránh trùng lặp, chồng chéo giữa hoạt động kiểm toán và hoạt động giám sát của HĐND.

Trong quá trình kiểm toán, công tác phối hợp giữa HĐND tỉnh với KTNN khu vực được thực hiện chặt chẽ. Tại cuộc họp công bố Quyết định kiểm toán tại địa phương, KTNN và Thường trực HĐND tỉnh thống nhất về sự phối hợp trong quá trình thực hiện kiểm toán tại địa phương. Vì vậy, các đơn vị được kiểm toán luôn chủ động phối hợp chặt chẽ trong cung cấp các thông tin, tài liệu liên quan và thực hiện tốt trách nhiệm giải trình, tạo điều kiện thuận lợi nhất để các đoàn kiểm toán thực hiện nhiệm vụ. Các cơ quan đầu mối thường xuyên phối hợp với đoàn kiểm toán nắm bắt những vướng mắc phát sinh để phối hợp xử lý kịp thời.

Tại Lào Cai, các cuộc họp công bố Kết luận kiểm toán đều có sự tham gia của Ban Kinh tế - Ngân sách và kịp thời có ý kiến phối hợp cùng cơ quan KTNN và các đơn vị được kiểm toán. Trước khi thông qua báo cáo kiểm toán, KTNN khu vực đều mời Thường trực HĐND đóng góp ý kiến và thực hiện chức năng giám sát công tác quản lý, điều hành ngân sách của UBND tỉnh. Điều này bảo đảm được tính khách quan, sát thực tiễn điều hành ngân sách của địa phương; đồng thời nâng cao trách nhiệm giải trình trong quản lý ngân sách. Các ý kiến của Thường trực HĐND tỉnh được KTNN ghi nhận, bổ sung trong các Báo cáo, kết luận kiểm toán tại địa phương.

HĐND tỉnh Lào Cai luôn mời KTNN khu vực VII tham dự các Kỳ họp để nắm bắt tình hình kinh tế - xã hội và công tác điều hành ngân sách của địa phương. Sau đó, các nghị quyết của HĐND đều được gửi đến cơ quan KTNN, phục vụ  công tác kiểm toán, đánh giá việc thực hiện quản lý kinh tế - xã hội của địa phương trong quản lý, điều hành và sử dụng ngân sách.

Thường trực HĐND tỉnh đã thực hiện giám sát các hoạt động của đoàn kiểm toán, phong cách, thái độ, cách xử lý công việc của thành viên đoàn kiểm toán, giúp KTNN kịp thời chấn chỉnh, khắc phục những hạn chế, thiếu sót của đoàn kiểm toán. HĐND tỉnh tổ chức công khai kết quả, kết luận, kiến nghị kiểm toán đến đại biểu HĐND tỉnh, thành phố nhằm tăng cường tính công khai, minh bạch, hiệu quả trong sử dụng ngân sách, tạo điều kiện cho đại biểu HĐND thực hiện quyền giám sát việc quản lý, sử dụng ngân sách địa phương theo quy định pháp luật. Đồng thời trong các giám sát chuyên đề của HĐND, Thường trực, các Ban HĐND đều đôn đốc các cơ quan quản lý nhà nước được giám sát thực hiện nghiêm túc các kết luận kiểm toán.

Trong năm 2024, Thường trực HĐND tỉnh Lào Cai tổ chức giám sát việc thực hiện các kết luận, kiến nghị của KTNN trên địa bàn tỉnh. Qua giám sát cho thấy, cơ bản các kiến nghị, kết luận của KTNN đã được thực hiện nghiêm túc, đặc biệt là những kiến nghị về tăng thu thuế, phí, thu hồi tiền đối với những khoản chi sai nộp ngân sách; kịp thời chấn chỉnh khắc phục hạn chế, sai phạm liên quan đến quản lý, sử dụng ngân sách. HĐND tỉnh Lào Cai cũng yêu cầu UBND tỉnh khắc phục ngay tình trạng chưa giải quyết dứt điểm vài kiến nghị kiểm toán kéo dài. Thực tế, ngoài những nguyên nhân chủ quan, vẫn còn một số yếu tố khách quan khiến việc triển khai kết luận kiểm toán còn chậm, một số vướng mắc chưa có phương án giải quyết như: một số doanh nghiệp đã dừng hoạt động nên không thể nộp trả ngân sách; một số doanh nghiệp khó khăn về tài chính nên chưa thực hiện các kiến nghị của KTNN...

Bên cạnh đó, dù Luật  Kiểm toán Nhà nước đã quy định nhưng hầu như có rất ít HĐND tỉnh đề nghị vấn đề cần kiểm toán và phạm vi kiểm toán ở địa phương mình. Trong quan hệ phối hợp, mới có sự phối hợp vủa KTNN khu vực, Đoàn kiểm toán với HĐND các địa phương. Việc trao đổi thông tin hai chiều thường chưa có sự chủ động, thường xuyên giữa KTNN và HĐND tỉnh. Trong quá trình kiểm toán, HĐND tham gia thường với tư cách là đối tượng bị kiểm toán chứ chưa phải với tư cách cơ quan quản lý ngân sách địa phương, chưa đề xuất với KTNN những nội dung, đơn vị cần đi sâu kiểm toán để phục vụ tốt nhất hoạt động giám sát.

Việc HĐND các tỉnh ký Quy chế phối hợp với KTNN đã làm cho công tác phối hợp trong quan hệ công tác giữa KTNN và HĐND các tỉnh ngày càng đi vào chiều sâu, tương hỗ giúp đỡ nhau trong quá trình thực hiện nhiệm vụ được giao, nâng cao hiệu quả công tác của mỗi bên. Thông qua hoạt động kiểm toán, đã giúp HĐND tỉnh chấn chỉnh những hạn chế, nâng cao hiệu quả công tác quản lý, điều hành, sử dụng tài chính công, tài sản công. Các báo cáo của KTNN là cơ sở quan trọng để HĐND tỉnh thẩm tra, quyết định thông qua quyết toán ngân sách, dự toán và phân bổ ngân sách năm sau. Đồng thời sự phối hợp tích cực và hiệu quả của HĐND tỉnh đã giúp KTNN hoàn thành tốt kế hoạch của mình. Những thông tin, dữ liệu trao đổi giữa KTNN và Thường trực HĐND tỉnh đã có tác dụng tích cực cho các cấp chính quyền địa phương trong xây dựng và triển khai thực hiện kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội, phòng, chống tham nhũng, lãng phí.