Việc phân bón không phải chịu thuế GTGT, như được quy định trong Luật thuế 71/2014/QH13 (Luật thuế 71), đã tạo ra thách thức về cạnh tranh giữa hàng hóa sản xuất trong nước và hàng nhập khẩu. Để dễ hiểu, nếu giá phân bón trong nước hiện tại là 107 đồng, trong đó có 7 đồng thuộc về Nhà nước (thuế GTGT đầu vào) và 100 đồng là lợi nhuận của doanh nghiệp.
Điều đáng chú ý là hàng nhập khẩu chỉ cần bán với giá 100 đồng đã có thể đạt được lợi nhuận tương đương như hàng trong nước bán với giá 107 đồng. Lý do là khi hàng hóa này được xuất khẩu, nhà sản xuất đã được hoàn thuế GTGT đầu vào tại nước sở tại và khi nhập vào nước ta lại không chịu thuế GTGT. Vì vậy, với khoảng chênh lệch 7 đồng, hàng nhập khẩu có lợi thế lớn và dễ dàng cạnh tranh với sản phẩm nội địa.
Ví dụ, trong mùa vụ khi nhu cầu tăng cao, hàng nhập khẩu có thể bán với giá gần tương đương giá hàng trong nước, như 106 đồng, vừa có lợi thế cạnh tranh vừa thu được 6 đồng lợi nhuận siêu ngạch, tức tiền lẽ ra thuộc về ngân sách Nhà nước. Ngược lại, trong giai đoạn tiêu thụ kém, giá hàng nhập khẩu có thể xuống thấp hơn, ví dụ 103 đồng. Điều này không chỉ giúp họ bán được hàng mà còn bảo toàn lợi nhuận định mức cùng lợi nhuận siêu ngạch. Trong khi đó, hàng nội địa lại phải đối mặt với tồn kho cao hoặc phải bán với giá thấp hơn để có thể tiêu thụ.
Tóm lại, quy định về việc không chịu thuế GTGT đã tạo ra lợi thế áp đảo cho hàng nhập khẩu, trong khi "ba nhà" đều gặp khó khăn: Nhà nước, nhà nông và doanh nghiệp.
Nhà nước đã mất đi khoản thu từ thuế GTGT đối với hàng nhập khẩu, theo thống kê của Hiệp hội Phân bón Việt Nam, con số này lên tới khoảng 1.000 - 2.000 tỷ đồng mỗi năm. Khoản thuế này nếu được thu lại có thể giúp Nhà nước tăng cường hỗ trợ cho sản xuất nông nghiệp, từ đầu tư cơ sở hạ tầng đến nghiên cứu giống cây trồng và vật nuôi.
Người nông dân thì phải mua phân bón với giá cao hơn so với khi áp thuế GTGT 5%, dẫn đến chi phí sản xuất tăng lên và thu nhập suy giảm. Hơn nữa, nhiều loại phân bón nhập khẩu có chất lượng không được đảm bảo, ảnh hưởng tiêu cực đến môi trường và năng suất cây trồng.
Doanh nghiệp trong nước cũng đang gặp khó khăn. Tình trạng không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đã gây thâm hụt dòng tiền và gia tăng chi phí sản xuất. Nhiều doanh nghiệp như Phân bón Phú Mỹ và Phân bón Cà Mau ước tính chịu thiệt hại lên đến hơn 400 tỷ đồng mỗi năm. Điều này không chỉ làm giảm sức cạnh tranh của sản phẩm mà còn khiến ngành phân bón trong nước có nguy cơ phát triển chậm lại, tương lai mất tự chủ về nguồn phân bón và dễ rơi vào nguy cơ mất an ninh lương thực, điều này hoàn toàn trái với những mong muốn của Đảng và Nhà nước.
Tất cả những vấn đề này vẫn có thể được giải quyết nếu áp dụng thuế GTGT 5% cho phân bón, như trước khi Luật Thuế 71 ra đời vào năm 2014.
