Tuy vậy, đây mới là những kết quả ở "bề rộng". Về "chiều sâu" và để kinh tế tư nhân thực sự trở thành động lực quan trọng của nền kinh tế, còn nhiều hạn chế phải giải quyết. Trước tiên là năng suất và tốc độ tăng năng suất còn thấp và có nhiều hạn chế. Cụ thể, theo một số liệu thống kê, năng suất lao động bình quân của khu vực doanh nghiệp tư nhân chỉ bằng khoảng 34% năng suất lao động của khu vực doanh nghiệp nhà nước và bằng khoảng 69% năng suất lao động của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài. Lý do là bởi phần lớn các doanh nghiệp có quy mô siêu nhỏ và nhỏ.
Tiếp đó là năng lực khoa học công nghệ hạn chế, có nơi còn lạc hậu. Nhiều doanh nghiệp chưa mạnh dạn đầu tư cho ứng dụng và phát triển khoa học công nghệ, nhất là công nghệ lõi, công nghệ tiên phong. Bên cạnh đó, tính liên kết, văn hóa hợp tác giữa các doanh nghiệp còn mang tính hình thức, chưa thực sự tạo thành khối liên kết để cùng nhau phát triển. Chưa nhìn được giá trị lợi ích chung của việc hợp tác, liên kết, tạo nên sức mạnh tổng hợp lớn hơn.
Lý do dẫn đến những hạn chế này có nguyên nhân quan trọng là từ quản lý nhà nước về kinh tế. Do hệ thống cơ chế, chính sách về phát triển kinh tế tư nhân còn nhiều bất cập, thiếu đồng bộ, chưa sát thực tế. Bên cạnh đó, môi trường đầu tư, kinh doanh dù được cải thiện nhưng vẫn chưa thực sự như mong muốn. Việc tiếp cận cơ hội kinh doanh, nguồn lực phát triển cũng chưa thực sự bình đẳng, phát sinh nhiều chi phí trung gian cũng như các chi phí không chính thức.
Để khắc phục các bất cập này, Chính phủ đã giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư xây dựng Đề án Đổi mới toàn diện quản lý nhà nước trong phát triển kinh tế tư nhân ở Việt Nam với mục tiêu chính là đề xuất hệ thống giải pháp nhằm đổi mới toàn diện quản lý nhà nước, thúc đẩy khu vực kinh tế tư nhân phát triển trở thành một động lực quan trọng của nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa.
Ở góc nhìn cụ thể hơn, có ý kiến cho rằng, để kinh tế tư nhân phát triển và phát triển bền vững, trước tiên cần tiếp tục tập trung hoàn thiện cơ chế, chính sách, cải thiện môi trường đầu tư, kinh doanh, thúc đẩy các chủ thể kinh tế tư nhân hình thành và phát triển. Giảm thiểu các điều kiện gia nhập thị trường, tạo môi trường bình đẳng giữa các hình thức pháp lý, giảm chi phí tuân thủ, chi phí không chính thức. Hoàn thiện cơ chế, chính sách tạo điều kiện cho các mô hình kinh doanh mới hình thành và phát triển, góp phần thực hiện các mục tiêu phát triển bền vững, tăng trách nhiệm với xã hội và môi trường của các chủ thể kinh tế tư nhân…
Ngoài ra, các giải pháp hỗ trợ cũng cần thay đổi. Ví dụ như tập trung hỗ trợ các doanh nghiệp khởi nghiệp, đổi mới sáng tạo, có sự chuyển giao công nghệ tiên tiến. Hạn chế hỗ trợ kiểu dàn trải, cho số đông doanh nghiệp chỉ có sản phẩm thông thường không mang lại nhiều lợi ích, giá trị gia tăng mới cho cộng đồng…
Khu vực kinh tế tư nhân đã và đang phát triển mạnh mẽ. Nhiều chủ thể, nhất là các tập đoàn đã góp phần làm thay đổi diện mạo đất nước, tạo dấu ấn, nâng cao vị thế, uy tín của Việt Nam trên trường quốc tế; hình thành nhiều thương hiệu có thể cạnh tranh được ở cả khu vực và quốc tế. Vậy nên, những hạn chế đang làm ảnh hưởng đến quá trình hình thành, phát triển cũng như chất lượng hoạt động của khu vực kinh tế này cần sớm tháo gỡ.
