Nghị định số 117/2009/NĐ-CP đã tạo chuyển biến tích cực, buộc các doanh nghiệp phải thay đổi hành vi theo hướng có lợi cho môi trường. Tuy nhiên, sau nhiều năm thực hiện, Nghị định trên cần được chỉnh sửa để phù hợp với Luật Thanh tra năm 2010; Luật Xử lý vi phạm hành chính năm 2012. Bên cạnh đó, việc tổ chức thực hiện Nghị định 117 cũng đã bộc lộ một số bất cập cần được điều chỉnh, bổ sung cho phù hợp, như: hành vi vi phạm còn chung chung, mức phạt chưa hợp lý, mức phạt thấp đối với những hành vi có tính nguy hại cao và mức phạt cao đối với một số hành vi thông thường.
Góp ý cho dự thảo, các đại biểu từ các Bộ, ngành, địa phương đã có nhiều ý kiến cụ thể như: đề nghị quy định rõ lực lượng xử phạt đối với các vi phạm như xả rác nơi công cộng, tăng mức phạt từ 500 triệu đồng lên 2 tỷ đồng nhưng cần chia ra nhiều khung phạt đối với từng đối tượng cụ thể, theo hướng: các hành vi về thủ tục hành chính tăng từ 2 - 3 lần; các hành vi gây ô nhiễm tăng từ 4 - 5 lần; chia thêm khung phạt về hành vi xả thải để đảm bảo tính công bằng giữa xả ít và xả nhiều; về thẩm quyền, thủ tục áp dụng các biện pháp đình chỉ, di dời, cấm hoạt động nên để UBND cấp huyện có thẩm quyền đối với các cơ sở, hộ gia đình, hộ kinh doanh cá thể thuộc cấp phép kinh doanh của huyện.
