Theo ĐBQH Cầm Thị Mẫn, việc áp mức thuế suất 5% đối với mặt hàng phân bón tại điểm b khoản 2 Điều 9 dự thảo luật là nội dung được rất nhiều đại biểu cũng như cử tri quan tâm, trong đó có đông đảo cử tri là bà con nông dân, vì sự thay đổi này có tác động trực tiếp tới đời sống, sinh kế của họ.
Qua nghiên cứu Báo cáo đánh giá tác động của Ban soạn thảo và nội dung giải trình tiếp thu của UBTVQH cũng như ý kiến cử tri, đại biểu Cầm Thị Mẫn cho rằng, việc áp thuế 5% với phân bón không đồng nghĩa với việc mặt hàng này sẽ tăng giá. Đồng thời, các báo cáo đánh giá còn cho thấy năng lực sản xuất phân bón của nước ta rất lớn, chủ yếu là các doanh nghiệp trong nước, tỷ trọng phân bón nhập khẩu so với sản xuất trong nước chỉ chiếm 27%. Nếu áp dụng thuế 5% thì có nghĩa là nhập khẩu vào cũng chịu 5% và cũng chịu sự điều tiết chung với phân bón sản xuất trong nước. Bên cạnh đó, mặt hàng phân bón là mặt hàng thuộc diện chịu sự kiểm soát và bình ổn giá của nhà nước.
Do đó, áp thuế suất 5% chính là việc cùng lúc thực hiện được mục tiêu mở rộng cơ sở thuế tiến tới áp dụng một mức thuế suất, đồng thời phục hồi, hỗ trợ sản xuất trong nước và về dài hạn sẽ tạo sự bền vững và ổn định, nguồn cung phân bón đầu vào trong nước được phát triển, không phụ thuộc vào phân bón nhập khẩu làm cơ sở cho việc hạ giá thành mặt hàng phân bón. Như vậy, người nông dân cũng như doanh nghiệp sản xuất trong nước đều được hưởng lợi từ việc thay đổi này.
Đối với quy định tại khoản 3 Điều 15 dự thảo Luật quy định: Cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5% (trừ hoạt động thanh lý tài sản) nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 trăm triệu đồng trở lên sau 12 tháng liên tục hoặc 4 quý liên tục thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.
Theo đại biểu Cầm Thị Mẫn, hoàn thuế giá trị gia tăng trong trường hợp vừa nêu trên là hoàn thuế cho cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5%, trong khi đó thuế giá trị gia tăng đầu vào của chi phí có mặt hàng chịu thuế suất 10% cho nên lũy kế thuế giá trị gia tăng liên tục còn khấu trừ. Việc khống chế 5% để bảo đảm bản chất như đã nêu ở trên, đảm bảo không giải quyết hoàn thuế cho hàng tồn kho, quy định này tạo sự bình đẳng giữa các doanh nghiệp, cơ sở kinh doanh sản xuất cung ứng dịch vụ chịu thuế suất khác nhau.
Do đó, đại biểu Mẫn đề nghị xem xét sửa đổi lại để bảo đảm số thuế giá trị gia tăng được hoàn không vượt quá 5% doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất 5% (trừ hoạt động thanh lý tài sản) đã nêu ở trên.