Theo đại diện Lãnh đạo Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, việc sửa đổi Luật Công đoàn xuất phát từ yêu cầu khắc phục những hạn chế, bất cập của Luật Công đoàn năm 1990, đáp ứng hoạt động của tổ chức Công đoàn trong thời kỳ đẩy mạnh công nghiệp hóa - hiện đại hóa đất nước và hội nhập quốc tế. Hiện nay, đối tượng, phạm vi điều chỉnh của Luật Công đoàn năm 1990 còn hẹp so với sự phát triển nhanh, đa dạng của các loại hình doanh nghiệp, sự phức tạp của quan hệ lao động và yêu cầu nâng cao hiệu quả hoạt động của tổ chức Công đoàn. Chức năng, nhiệm vụ của Công đoàn còn dàn trải, thiếu tập trung, chưa rõ nhiệm vụ trọng tâm của tổ chức Công đoàn trong việc đại diện, bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp, chính đáng của người lao động.
Tại Hội nghị, các đại biểu nhất trí cho rằng, việc sớm sửa đổi Luật Công đoàn năm 1990 là cần thiết và nên tiến hành đồng thời với việc sửa đổi toàn diện Bộ Luật Lao động năm 1994 nhằm bảo đảm tính đồng bộ của pháp luật về công nhân, lao động và Công đoàn; đồng thời phân định rõ, hợp lý đối tượng, phạm vi điều chỉnh liên quan đến Công đoàn trong hai đạo luật.
Liên quan đến đại diện cho tập thể lao động ở những doanh nghiệp chưa có tổ chức Công đoàn, dự thảo Luật Công đoàn (sửa đổi) xây dựng theo hướng ở những doanh nghiệp chưa có tổ chức Công đoàn thì Công đoàn cấp trên trực tiếp cơ sở sẽ đại diện để bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp, chính đáng cho người lao động tại doanh nghiệp đó. Một số ý kiến cho rằng, quy định như vậy là chưa phù hợp vì Công đoàn cấp trên trực tiếp cơ sở không phải do người lao động bầu ra. Theo dự thảo Bộ Luật Lao động (sửa đổi) thì ở những doanh nghiệp chưa có tổ chức Công đoàn cơ sở thì thành lập Ban đại diện tập thể lao động với chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn như Công đoàn cơ sở. Quy định này chưa phù hợp với điều kiện hiện nay ở nước ta bởi để hình thành được tổ chức đại diện cho tập thể lao động ở doanh nghiệp chưa có Công đoàn như trong dự thảo Bộ Luật Lao động (sửa đổi) còn khó khăn hơn việc thành lập Công đoàn cơ sở theo quy định. Vì vậy, việc quy định tổ chức đại diện cho tập thể lao động trong dự thảo Luật với kỳ vọng lấp chỗ trống ở những nơi chưa thành lập được tổ chức Công đoàn là không khả thi. Ngoài ra, một số doanh nghiệp làm ăn không chân chính không muốn thành lập tổ chức Công đoàn tại doanh nghiệp sẽ dựa vào điều khoản này để không thành lập tổ chức Công đoàn. Hơn nữa, việc hình thành đại diện cho tập thể lao động sẽ hạn chế quyền thành lập, gia nhập và hoạt động Công đoàn của người lao động.