Tuy nhiên, qua triển khai thực hiện vẫn còn một số hạn chế, khó khăn, vướng mắc, cụ thể: Việc thực hiện các mục tiêu về tự chủ tài chính trong đơn vị sự nghiệp công lập gặp nhiều khó khăn, nhất là đối với các tỉnh có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, thu nhập của người dân còn thấp. Do đó, việc thực hiện mục tiêu xã hội hóa các hoạt động dịch vụ sự nghiệp, phát triển tăng trưởng nguồn thu để đáp ứng đủ chi phí, duy trì các hoạt động, từ đó chuyển đổi loại hình giao quyền tự chủ ở mức tự chủ cao hơn ở một số địa phương chưa đạt mục tiêu. Việc ban hành định mức kinh tế - kỹ thuật ở một số địa phương còn chậm, làm ảnh hưởng đến tiến độ ban hành đơn giá, giá sản phẩm, dịch vụ công, làm cơ sở xây dựng lộ trình tính giá dịch vụ sự nghiệp công để trình cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Ngoài ra, một số bộ, ngành trung ương chưa hướng dẫn việc xác định “các đơn vị sự nghiệp công lập cung ứng dịch vụ sự nghiệp công cơ bản, thiết yếu được thành lập theo quy định của pháp luật chuyên ngành”; chưa có hướng dẫn cụ thể về chức năng, nhiệm vụ của một số đơn vị sự nghiệp công lập sau khi thực hiện sắp xếp.
Để triển khai hiệu quả Nghị quyết số 19-NQ/TW, trong thời gian tới, các bộ, ngành liên quan cần tiếp tục thực hiện chương trình đổi mới cơ chế quản lý tài chính đối với cơ quan quản lý nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập. Theo đó, tổ chức thực hiện tốt các quy định hiện hành về tăng cường chỉ đạo điều hành thực hiện nhiệm vụ tài chính ngân sách hàng năm; tăng cường tính công khai, minh bạch trong quản lý, điều hành ngân sách các cấp. Đồng thời, đẩy nhanh tiến độ ban hành định mức kinh tế - kỹ thuật, định mức chi phí, ban hành đơn giá, giá dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước làm cơ sở giao nhiệm vụ, đặt hàng hoặc đấu thầu thực hiện dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước cho các đơn vị này.
Bên cạnh đó, sớm triển khai thực hiện cơ chế tự chủ tài chính theo quy định tại Nghị định số 60/2021/NĐ-CP cho các đơn vị sự nghiệp công lập. Trong đó, xây dựng thời hạn hoàn thành lộ trình tính giá dịch vụ sự nghiệp công; rà soát, nâng mức độ tự chủ tài chính của các đơn vị này trong từng giai đoạn cụ thể; và giao ngân sách nhà nước thực hiện các nhiệm vụ Nhà nước giao, thực hiện các dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước theo quy định; không hỗ trợ kinh phí thực hiện các dịch vụ do đơn vị tự cung cấp theo nhu cầu xã hội, tạo động lực chuyển biến cho các đơn vị phấn đấu tăng mức độ tự chủ của đơn vị mình.
